Mapování přístupnosti proteinového povrchu kombinací hmotnostní spektrometrie a radikálového značení

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 23 (SGA0201900001)

Hlavní účastníci

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

19-16084S

Název projektu anglicky

Mapping protein surface accessible area utilizing top-down mass spectrometry and reactive radical footprinting

Anotace anglicky

Structural proteomics has become an emerging technique of current structural biology. It covers very broad range of analytical methods from hydrogen/deuterium exchange to chemical cross-linking. Although, the limitations and potentials of both techniques are well studied, foundations of covalent labelling are still poorly described. While H/D exchange offers information about backbone accessibility, covalent labelling targets amino acid side chains and thus provides complementary structural information. In this proposal we will develop chemical reagents with novel reactivity that will allow targeting of more amino acid side chains and expand the spatial resolution of the method. We will also pursue hydroxyradical footprinting where we aim mainly at the development of top-down mass spectrometric approaches allowing to assign not only the site of the modification but also to assess the reactivity scale of individual modified residues. Such advancements will greatly facilitate protein structure characterization and will provide valuable information for protein structure modelling.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10406 - Analytical chemistry

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CB - Analytická chemie, separace

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Všechny cíle projektu byly splněny: byla vyvinuta řada nových metod pro studium struktury proteinů. Výstupy projektu jsou celkem 8 publikací v impaktovaných odborných časopisech včetně špičkových časopisů JACS a Analytical Chemistry.

Zahájení řešení

1. 1. 2019

Ukončení řešení

31. 12. 2021

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

12. 5. 2021

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP22-GA0-GA-U

Datum dodání záznamu

29. 6. 2022

Celkové uznané náklady

5 590 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 590 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč