Evoluce repeatomu rostlinných allopolyploidů: analýza diploidně-polyploidního komplexu Chenopodium album agg.
Cíle projektu
Vznik allopolyploidních taxonů bývá doprovázen rozsáhlými genomickými přestavbami, vedoucími ke vzniku nových fenotypů. Jeden ze způsobů, jak definovat úlohu určité frakce genomu v evoluci, je promítnout její dynamiku do evoluční historie dobře prostudovaného biologického modelu. V navrhovaném projektu plánujeme využít sekvenovaní nové generace (next generation sequencing, NGS) k mapování variability repetitivní frakce (repeatomu) na fylogenezi diploidně-polyploidního komplexu Chenopodium album. Na příkladu této skupiny budeme testovat dvě alternativní hypotézy evoluce repeatomů u allopolyploidních taxonů se stabilní (aditivní) velikostí genomu. (1) Hypotéza genomické stagnace předpokládá, že repeatomy těchto allopolyploidů vykazují téměř dokonalou aditivitu repeatomů jejich rodičů. (2) Hypotéza genomové přestavby předpokládá, že allopolyploidní genomy podléhají změnám, tudíž jejich repeatomy budou vykazovat výrazné odchylky od očekávané aditivity rodičovských repeatomů. Projekt přinese nové poznatky o evoluci genomů a chromozomů v souvislosti s hybridizací a polyploidizací.
Klíčová slova
allopolyploidyChenopodiumevolutionFISHNGSphylogenomicsRADseqrepetitive DNA
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
SGA0202000001
Hlavní účastníci
Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta životního prostředí
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
20-20286S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Repeatome evolution in plant allopolyploids: An outcome from the diploid-polyploid complex of the Chenopodium album aggregate
Anotace anglicky
Merging two or more genomes in allopolyploid species usually results in extensive modification of the genomes and creates novel expression patterns and regulatory interactions, followed by the development of new phenotypes. One way to define the role of any genomic component is to project its dynamics on the evolution of a known biological system. In this project, we will use Next Generation Sequencing data to analyse the variability of repeatome components (RC) in a phylogenetic context, using as model the diploid-polyploid Chenopodium album aggregate, with already known phylogeny. We will test two alternative hypotheses regarding the evolution of RC in allopolyploid taxa having stable genome size. (1) The genomic stasis hypothesis: This predicts almost perfect additivity of the parental RC. (2) The genome re-patterning hypothesis: This predicts rearrangements and display deviations from the expected pattern of parental RC additivity. This study will shed new light on the genomic and chromosomal re-patterning accompanying hybridisation and polyploidisation events.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)EF - Botanika
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2020
Ukončení řešení
31. 12. 2022
Poslední stav řešení
—
Poslední uvolnění podpory
12. 4. 2022
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP23-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
26. 6. 2023
Finance
Celkové uznané náklady
9 713 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
9 713 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
9 713 tis. Kč
Statní podpora
9 713 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
OECD FORD
Plant sciences, botany
Doba řešení
01. 01. 2020 - 31. 12. 2022