Biofyzika a bioinformatika oblastí lidského genomu s extrémním rozložením nukleotidů
Cíle projektu
Naše předběžné výsledky ukazují, že v lidském genomu se v překvapivě vysokém množství nacházejí velmi dlouhé oblasti (i více než 1000 nukleotidů) tvořené výlučně nukleotidy A a T. Podobná je i situace ohledně nukleotidů A a G, A a C a G a C. Oblasti, kdeje jejich zastoupení vyšší než 90% jsou ještě mnohem delší. Přitom studie na modelových polynukleotidech ukazují, že takové oblasti vykazují dramaticky odlišné biofyzikální vlastnosti než běžná DNA, kde se všechny čtyři nukleotidy střídají. V tomto projektu navrhujeme bioinformatickými metodami identifikovat a analyzovat tyto oblasti v lidském, šimpanzím, myším a dalších genomech a vybrané z nich zkoumat biofyzikálními a biochemickými přístupy jako je CD spektroskopie, elektroforéza, fotochemické metody, enzymové a chemické próby a počítačové modelování. Výsledky bioinformatických a biofyzikálních analýz budeme korelovat s funkční mapou lidského a dalších genomů s cílem pochopit, k čemu velmi dlouhé oblasti A+T, A+G, A+C a G+C v genomech slouží.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
202/07/0094
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Biophysics and bioinformatics of the regions in the human genome with extreme nucleotide distributions
Anotace anglicky
Our preliminary results show that the human genome contains surprisingly large amounts of very long regions (even more than 1000 nucleotides) exclusively containing A and T. The situation is similar with A and G, A and C and C and G. Regions where theircontent is higher than 90% are still much longer. Studies on model polynucleotides demonstrate that such molecules exhibit dramatically different biophysical properties than the common DNA containing all four nucleotides. In this project, we propose toidentify the extremely biased regions by bioinformatic methods in the human, chimp, mouse and other genomes and their representative examples analyze by biophysical and biochemical approaches such as CD spectroscopy, electrophoresis, photochemical methods, enzymic and chemical probes and computer modeling. We will correlate results of the biophysical and biochemical analyses with the functional map of the human and other genomes with the aim to understand the role the longest A+T, A+G, A+C and G+C
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
BO - Biofyzika
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
CE - Biochemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Ambiciózní projekt s nepříliš průkazným publikačním výstupem. Dvě práce vyšly v prvním roce řešení, druhá ve druhém roce řešení, jedna je uváděna jako odeslaná ke zveřejnění bez údaje kam, další dvě práce jsou deklarovány jako " připravováno ke zveřejně?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2007
Ukončení řešení
31. 12. 2009
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
22. 4. 2009
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP10-GA0-GA-U/02:2
Datum dodání záznamu
22. 1. 2015
Finance
Celkové uznané náklady
2 815 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 815 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
2 815 tis. Kč
Statní podpora
2 815 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
BO - Biofyzika
Doba řešení
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009