Biofyzika a bioinformatika oblastí lidského genomu s extrémním rozložením nukleotidů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

202/07/0094

Název projektu anglicky

Biophysics and bioinformatics of the regions in the human genome with extreme nucleotide distributions

Anotace anglicky

Our preliminary results show that the human genome contains surprisingly large amounts of very long regions (even more than 1000 nucleotides) exclusively containing A and T. The situation is similar with A and G, A and C and C and G. Regions where theircontent is higher than 90% are still much longer. Studies on model polynucleotides demonstrate  that such molecules exhibit dramatically different biophysical properties than the common DNA containing all four nucleotides. In this project, we propose toidentify the extremely biased  regions by bioinformatic methods in the human, chimp, mouse and other genomes and their representative examples analyze by biophysical and biochemical approaches such as CD spectroscopy, electrophoresis, photochemical methods, enzymic and chemical probes and computer modeling. We will correlate results of the biophysical and biochemical analyses with the functional map of the human and other genomes with the aim to understand the role the longest A+T, A+G, A+C and G+C

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

CE - Biochemie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Ambiciózní projekt s nepříliš průkazným publikačním výstupem. Dvě práce vyšly v prvním roce řešení, druhá ve druhém roce řešení, jedna je uváděna jako odeslaná ke zveřejnění bez údaje kam, další dvě práce jsou deklarovány jako " připravováno ke zveřejně?

Zahájení řešení

1. 1. 2007

Ukončení řešení

31. 12. 2009

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

22. 4. 2009

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP10-GA0-GA-U/02:2

Datum dodání záznamu

22. 1. 2015

Celkové uznané náklady

2 815 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 815 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč