Chiroptické vlastnosti, konformace a dynamické chování středně velkého oligopeptidu se strukturními doménami o výrazně odlišné flexibilitě
Cíle projektu
Vibrační cirkulární dichroismus (VCD) je s největší pravděpodobností schopen poskytovat detailní informace o trojrozměrné struktuře a dynamickém chování středně velkých molekul (např. oligopeptidů), které je zpravidla obtížné jinými technikami studovat.Máme v úmyslu prozkoumat tuto možnost užitím několika typů oligopeptidů, jejichž společným rysem je buď přítomnost oddělených oblastí, které se liší konformací nebo dynamikou, případně takových molekul, v nichž oblasti s rigidním uspořádáním jsou propojeny flexibilní spojkou. Takové molekuly poskytují možnost aplikace ab initio technik k interpretaci dat vibrační optické aktivity technikou přenosu tenzorů molekulárních vlastností. Jako hlavní cíl jsme zvolili tak zvaný "hinge pepti" (fragment lidského imunoglobulinu igGl), v jehož molekule jsou dva rigidní řetězce oktapeptidu (bohaté na prolin) propojeny pohyblivými disulfidickými můstky. Jako modelové systémy budeme rovněž zkoumat molekuly dioxopiperazinů obsahující bazické aminokyseliny,
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)
Hlavní účastníci
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Chiroptical properties, conformation and dynamical behaviour of the middle sized oligopeptide having structural domains with different flexibility
Anotace anglicky
Vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopy is potentially capable to provide rather detailed information about three dimensional structure and dynamics of the difficult-to-investigate class of middle sized molecules, e.g. oligopeptides. We intendto investigate this possibility in depth using several classes of oligopeptides in the molecules of which there are either distinct domains differring in flexibility and conformation or where rigid domains are connected with flexible links. Such molecules provide a good possibility to apply ab initio techniques to interpretation of vibrational optical activity data via the technique of transferring molecular property tensors. We have selected as the main goal the so-called hinge peptide (fragment of human igG1) in which two rigid octapeptide chains rich in proline are connected via flexible disulfide links. As model systems we will also investigate dioxopiperazine molecules containing basic amino acid residues embedded in a peptide
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
CC - Organická chemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10401 - Organic chemistry
10403 - Physical chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Spektroskopická analýza konformace a flexibility hinge peptidu poskytla konsistentní a ucelený obraz. Peptid si zachovává konformaci typu levotočivé šroubovice polyprolin II a k jejímu přechodu na jiný konformační typ jsou potřebné poměrně drastické zás
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2002
Ukončení řešení
1. 1. 2004
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2005/GA0/GA05GA/U/N/B:7
Datum dodání záznamu
2. 6. 2008
Finance
Celkové uznané náklady
4 126 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 187 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
2 939 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
4 126 tis. Kč
Statní podpora
1 187 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Doba řešení
01. 01. 2002 - 01. 01. 2004