Optická aktivita a konformace disulfidových můstků v peptidech a proteinech
Cíle projektu
Na základě využití několika modelových látek nalezneme a otestujeme vztah mezi trojrozměrnou strukturou a vibrační optickou aktivitou (hlavně Ramanovou optickou aktivitou - ROA) disulfidové skupiny, kterou je obtížné studovat pomocí klasického cirkulárního dichroismu vzhledem k problémům s degenerací a překryvem pásů. Prostudujeme analytický potenciál ROA pásů S-S a C-S vibrací, které jsme již dříve nalezli v u molekuly hinge peptidu. Vibrační optickou aktivitu disulfidické skupiny budeme studovat pomocí ab initio výpočtů (malé disulfidické modely jako H2S2 a CH3-S-S-CH3) a pomocí srovnání experimerntu a teorie (rigidní a flexibilní malé heterodetní cyklické peptidy). Porovnáme optickou aktivitu disulfidů v rigidním a flexibilním prostředí a zahrneme vliv rozpouštědla. Data vibrační optické aktivity vztáhneme v výsledkům získaným pomocí molekulárního modelování a NMR. Výsledky aplikujeme na konformační analýzu disulfidické skupiny ve větším peptidu/malém proteinu (pravděpodobně
Klíčová slova
disulphide bridgeconformationcircular dichroismRaman optical activitypeptidesproteins
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
203/07/1335
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Optical activity and conformation of disulphide bridges in peptides and proteins
Anotace anglicky
Using several model compounds we will establish and test a relation between three dimensional structure and vibrational optical activity (mainly Raman optical activity-ROA) of the disulphide group, which is difficult to study using classical circular dichroism spectroscopy because of degeneracy and band overlap. We will further investigate analytical potential of the S-S and C-S ROA bands, which we have previously detected in the hinge peptide molecule. We will study disulphide vibrational optical activity using ab initio calculations (small disulphide models like H2S2 or CH3-S-S-CH3), experiment and theory (rigid and flexible small heterodetic cyclopeptides). We will compare disulphide optical activity within rigid and flexible peptidic environment and include the effect of solvent. Data on vibrational optical activity will be further related to molecular modeling and NMR. The results will be applied to disulphide conformation analysis in a suitable larger peptide/small protein(insulin
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
BO - Biofyzika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10610 - Biophysics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Z předložené závěrečné zprávy a rozboru řešení projektu je zřejmé, že tým pracoval systematicky a cíleně na řešené problematice, dosáhl jasně specifikovaných výsledků a nových informací, ale nepodařilo se tyto výsledky zhodnotit ve formě publikací. Jedna
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2007
Ukončení řešení
31. 12. 2009
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
22. 4. 2009
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP10-GA0-GA-U/02:2
Datum dodání záznamu
22. 1. 2015
Finance
Celkové uznané náklady
2 066 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 066 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
2 066 tis. Kč
Statní podpora
2 066 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Doba řešení
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009