Studium dynamiky oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

—

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

—

Název projektu anglicky

Nuclear magnetic resonance studies of oligonucleotide dynamics

Anotace anglicky

We propose a project to study intramolecular dynamics in 13C, 15N-uniformly labeled oligonucleotides by the means of NMR spectroscopy. Structural fluctuations in nucleic acids can be studied through the relaxation of 15N, 13C or 31P nuclei. The main problems in dynamics studies of uniformly labeled molecules arise from the effect of carbon-carbon coupling on measurement of carbon relaxation parameters and from the lack of data on 13C and 15N chemical shift anisotropy in nucleic acids. We will optimize the pulse sequences for measurement of 15N, 13C and 31P relaxation rates and of the steady-state nuclear Overhauser effect (NOE). We will attempt to eliminate or limit the effect of carbon-carbon coupling on measurements of carbon relaxation parameters with the use of modern NMR techniques such as shaped pulses, selective decoupling and pulsed-field gradients. We will develop methods for quantitative measurement of interference effects between the dipolar and chemical shift anisotropy (CSA)

Kategorie VaV

—

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - další vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byla studována dynamika oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie. V nukleových kyselinách bylo k tomuto účelu výhodné využít relaxačních vlastností uhlíku. Kromě studia dynamiky bylo možné relaxačních charakteristik využít i k optimalizaci NMR experiment

Zahájení řešení

1. 1. 1999

Ukončení řešení

1. 1. 2001

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3

Datum dodání záznamu

1. 4. 2003

Celkové uznané náklady

3 380 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 380 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

3 400 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč