Studium dynamiky oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie
Cíle projektu
Předmětem návrhu je studium intramolekulární dynamiky 13C a 15N-obohacených oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie. Strukturní fluktuace nukleových kyselin je možno studovat prostřednictvím relaxace jader 15N, 13C a 31P. Hlavní problémy při studiu dynamiky plně izotopicky značených molekul jsou způsobeny vlivem interakce uhlík-uhlík na měřené relaxační parametry uhlíku a skutečností že hodnoty anizotropie chemického posunu (CSA) jader 13C a 15N v nukleových kyselinách nejsou známy. Budeme se zabývat optimalizací pulzních sekvencí pro měření relaxačních rychlostí jader 15N, 13C a 31P a nukleárního Overhauserova jevu (NOE). Pokusíme se eliminovat nebo alespoň omezit vliv interakce uhlík-uhlík na měřené hodnoty relaxačních parametrů uhlíku za pomoci moderních prostředků NMR jako jsou tvarované pulzy, selektivní dekaplink a gradienty magnetického pole. Vyvineme metody pro kvantitativní měření vlivu interference mezi dipolárním relaxačním mechanismem a CSA jako prostředek pro získání relativníc
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Nuclear magnetic resonance studies of oligonucleotide dynamics
Anotace anglicky
We propose a project to study intramolecular dynamics in 13C, 15N-uniformly labeled oligonucleotides by the means of NMR spectroscopy. Structural fluctuations in nucleic acids can be studied through the relaxation of 15N, 13C or 31P nuclei. The main problems in dynamics studies of uniformly labeled molecules arise from the effect of carbon-carbon coupling on measurement of carbon relaxation parameters and from the lack of data on 13C and 15N chemical shift anisotropy in nucleic acids. We will optimize the pulse sequences for measurement of 15N, 13C and 31P relaxation rates and of the steady-state nuclear Overhauser effect (NOE). We will attempt to eliminate or limit the effect of carbon-carbon coupling on measurements of carbon relaxation parameters with the use of modern NMR techniques such as shaped pulses, selective decoupling and pulsed-field gradients. We will develop methods for quantitative measurement of interference effects between the dipolar and chemical shift anisotropy (CSA)
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - další vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byla studována dynamika oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie. V nukleových kyselinách bylo k tomuto účelu výhodné využít relaxačních vlastností uhlíku. Kromě studia dynamiky bylo možné relaxačních charakteristik využít i k optimalizaci NMR experiment
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 1999
Ukončení řešení
1. 1. 2001
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3
Datum dodání záznamu
1. 4. 2003
Finance
Celkové uznané náklady
3 380 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 380 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
3 400 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
3 380 tis. Kč
Statní podpora
2 380 tis. Kč
70%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 01. 1999 - 01. 01. 2001