Vše
Vše

Co hledáte?

Vše
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Studium dynamiky oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie

Cíle projektu

Předmětem návrhu je studium intramolekulární dynamiky 13C a 15N-obohacených oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie. Strukturní fluktuace nukleových kyselin je možno studovat prostřednictvím relaxace jader 15N, 13C a 31P. Hlavní problémy při studiu dynamiky plně izotopicky značených molekul jsou způsobeny vlivem interakce uhlík-uhlík na měřené relaxační parametry uhlíku a skutečností že hodnoty anizotropie chemického posunu (CSA) jader 13C a 15N v nukleových kyselinách nejsou známy. Budeme se zabývat optimalizací pulzních sekvencí pro měření relaxačních rychlostí jader 15N, 13C a 31P a nukleárního Overhauserova jevu (NOE). Pokusíme se eliminovat nebo alespoň omezit vliv interakce uhlík-uhlík na měřené hodnoty relaxačních parametrů uhlíku za pomoci moderních prostředků NMR jako jsou tvarované pulzy, selektivní dekaplink a gradienty magnetického pole. Vyvineme metody pro kvantitativní měření vlivu interference mezi dipolárním relaxačním mechanismem a CSA jako prostředek pro získání relativníc

Klíčová slova

Veřejná podpora

  • Poskytovatel

    Grantová agentura České republiky

  • Program

    Standardní projekty

  • Veřejná soutěž

  • Hlavní účastníci

    Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta

  • Druh soutěže

    VS - Veřejná soutěž

  • Číslo smlouvy

Alternativní jazyk

  • Název projektu anglicky

    Nuclear magnetic resonance studies of oligonucleotide dynamics

  • Anotace anglicky

    We propose a project to study intramolecular dynamics in 13C, 15N-uniformly labeled oligonucleotides by the means of NMR spectroscopy. Structural fluctuations in nucleic acids can be studied through the relaxation of 15N, 13C or 31P nuclei. The main problems in dynamics studies of uniformly labeled molecules arise from the effect of carbon-carbon coupling on measurement of carbon relaxation parameters and from the lack of data on 13C and 15N chemical shift anisotropy in nucleic acids. We will optimize the pulse sequences for measurement of 15N, 13C and 31P relaxation rates and of the steady-state nuclear Overhauser effect (NOE). We will attempt to eliminate or limit the effect of carbon-carbon coupling on measurements of carbon relaxation parameters with the use of modern NMR techniques such as shaped pulses, selective decoupling and pulsed-field gradients. We will develop methods for quantitative measurement of interference effects between the dipolar and chemical shift anisotropy (CSA)

Vědní obory

  • Kategorie VaV

  • CEP - hlavní obor

    CE - Biochemie

  • CEP - vedlejší obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • CEP - další vedlejší obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD - odpovídající obory
    (dle převodníku)

    10403 - Physical chemistry
    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
    10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
    10605 - Developmental biology
    10608 - Biochemistry and molecular biology
    10609 - Biochemical research methods
    30101 - Human genetics

Hodnocení dokončeného projektu

  • Hodnocení poskytovatelem

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Zhodnocení výsledků projektu

    Byla studována dynamika oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie. V nukleových kyselinách bylo k tomuto účelu výhodné využít relaxačních vlastností uhlíku. Kromě studia dynamiky bylo možné relaxačních charakteristik využít i k optimalizaci NMR experiment

Termíny řešení

  • Zahájení řešení

    1. 1. 1999

  • Ukončení řešení

    1. 1. 2001

  • Poslední stav řešení

    U - Ukončený projekt

  • Poslední uvolnění podpory

Dodání dat do CEP

  • Důvěrnost údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Systémové označení dodávky dat

    CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3

  • Datum dodání záznamu

    1. 4. 2003

Finance

  • Celkové uznané náklady

    3 380 tis. Kč

  • Výše podpory ze státního rozpočtu

    2 380 tis. Kč

  • Ostatní veřejné zdroje financování

    3 400 tis. Kč

  • Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

    0 tis. Kč

Základní informace

Uznané náklady

3 380 tis. Kč

Statní podpora

2 380 tis. Kč

70%


Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

CEP

CE - Biochemie

Doba řešení

01. 01. 1999 - 01. 01. 2001