Jak rostlinné transposony přispívají ke "genomové krajině" a organizaci interfázního jádra

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202100005

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

21-00580S

Název projektu anglicky

How plant transposable elements contribute to the genomic landscape and organization of interphase nucleus

Anotace anglicky

Transposable elements (TEs) are a significant part of the plant genome but their evolutionary dynamics and influence on cell function is only now beginning to be understood. We propose using bioinformatics and experimental research to investigate various aspects of TE life in plant genomes, including age, waves of amplification, structural features, insertional preferences, TE gene conversion and ectopic recombination as well as the effect of these processes on the genome. We will analyze the abundance and localization of centromeric LTR retrotransposons in holocentric chromosomes (entire chromosome acts as the centromere) and compare them with related monocentric species. Using modern Hi-C technology we will test the potential preferential mutual interactions of transposable elements and their contribution to the organization of the interphase nucleus. Our results will contribute to understanding the structure, function and evolution of TEs. Knowledge of their regulation would provide the ability to influence TE activity to increase the genetic variability needed in breeding.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie

Zahájení řešení

1. 1. 2021

Ukončení řešení

31. 12. 2023

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

6. 3. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

21. 5. 2024

Celkové uznané náklady

10 014 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 852 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

84 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč