Celogenomové mapování cis-regulačních elementů kontrolujících transkripci v embryu ječmene

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202100005

Hlavní účastníci

Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

21-18794S

Název projektu anglicky

Genome-wide mapping of cis-regulatory elements controlling transcription in barley embryo

Anotace anglicky

Gene transcription is controlled by interplay of transcription factors and non-coding cis-regulatory elements (CREs) - promoters, enhancers and silencers. Since association mapping in maize indicated connection of putative CREs with expression QTLs for important traits, localization of these elements and linking them to their target genes become a vital background for crop breeding and bioengineering. In the proposed project, we aim to precisely delimit and characterize promoter and putative enhancer regions in barley embryo by combining available RNA-seq data for two stages of embryo development with Cap Analysis of Gene Expression and transposase-accessible-chromatin, histone-modification and DNA-methylation profiles. Interactions of putative enhancers with their targets will be identified using a 3C-based technique Hi-ChIP. Thus predicted CREs and generated chromatin-state and interactome maps of barley embryo will improve functional annotation of the barley genome. Comparison of epigenomes in two embryo stages sheds light on processes controlling grain development in cereals.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie

Zahájení řešení

1. 4. 2021

Ukončení řešení

31. 12. 2024

Poslední stav řešení

K - Končící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

6. 3. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

19. 2. 2024

Celkové uznané náklady

5 955 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 955 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč