Identifikace a biofyzikální charakterizace regulačních elementů DNA genu hlavního faktoru pluripotence POU5F1

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Juniorské granty

Veřejná soutěž

Juniorské granty 3 (SGA0201700002)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-19170Y

Název projektu anglicky

Identification and biophysical characterization of regulatory DNA elements of the gene for main pluripotency factor POU5F1

Anotace anglicky

Pou5f1 gene is the key regulator of cellular pluripotency thus it has to be tightly regulated. In the previous project we identified guanine quadruplex in close proximity of the pou5f1 transcription start and we showed the quadruplex affects the expression of the reporter gene; the genome DNA conformation itself might serve as a regulator of the expression. In the regulatory region of the pou5f1 there are a number of other sites with the potential to form non-B DNA conformations. These sites are evolutionary highly conserved. They are located mostly in the proximal and distal enhancers, whereas the activity of the enhancers differs depending on the subsequent cell fate. Using the combination of chemical and enzymatic footprinting, both in vitro and in vivo, of the DNA from mouse teratocarcinoma cell line, we will identify the structural-regulatory DNA elements in the respective region of the pou5f1 gene in context of the differential state of the cell. Subsequently, we will characterize these DNA elements and, especially, their mutants by spectroscopic and electrophoretic methods.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projektový tým dosáhl hlavních výzkumných cílů a biofyzikálně popsal DNA struktury promotoru pou5f1. Na řešení projektu se podíleli studenti. Výsledky projektu byly prezentovány na mezinárodních konferencích. Pět publikací v impaktovaných mezinárodních vědeckých časopisech jsou výbornými výstupy projektu.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

3. 4. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GJ-U/04:1

Datum dodání záznamu

23. 7. 2020

Celkové uznané náklady

3 679 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 553 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

126 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč