Studium fascinující fyzikální chemie DNA pomocí pokročilých výpočetních metod

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202100005

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

21-23718S

Název projektu anglicky

The fascinating physical chemistry of DNA studied by advanced computations

Anotace anglicky

Standard and enhanced-sampling atomistic molecular dynamics simulations complemented by advanced quantum-chemical approaches will be applied to a wide range of non-canonical DNA molecules, in a close collaboration with experimental laboratories. The goal is understanding of the unique physical-chemistry properties of these molecules, which are important for their biological roles as well as DNA-based nanotechnologies. Many of the studied properties are invisible to available experimental methods. The studied topics will include basic folding principles of guanine quadruplexes, short guanine-rich hairpins and i-DNA, sequence-dependent ability of Holliday junctions to form crystal lattices, binding and reaction mechanism of hemin-quadruplex DNA enzyme and selected problems related to DNA photochemistry and UV damage. Substantial attention will be paid to methodology, including improved description of hydrogen-bonding interactions in the AMBER simulation force field and development of approaches to characterize transitory ensembles in DNA folding.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10403 - Physical chemistry

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

Zahájení řešení

1. 1. 2021

Ukončení řešení

31. 12. 2024

Poslední stav řešení

P - Přerušený víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

10. 3. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

19. 2. 2024

Celkové uznané náklady

5 538 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 538 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč