Fylogeografie a ekogenomika 'Ca. Fonsibacter' (SAR11-IIIb)
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
SGA0202200004
Hlavní účastníci
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
22-03662S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Phylogeography and ecogenomics of ‘Ca. Fonsibacter’ (SAR11-IIIb)
Anotace anglicky
Microbes affiliated to SAR11 (‘Ca. Pelagibacterales’) dominate in marine (SAR11-I, II, IV, V), brackish (SAR11-IIIa) and freshwater (SAR11-IIIb) systems and are challenging to cultivate due to their oligotrophic lifestyle and unusual nutrient requirements. A first culture of freshwater SAR11-IIIb was described only 2 years ago (‘Ca. Fonsibacter’). We have recently isolated 13 SAR11-IIIb strains by high-throughput dilution-to-extinction and aim at 50 additional cultures. State-of-the-art genomics will be combined with experiments to tackle their microdiversity, top-down control by protists and interactions with other microbes (WP1). Sampling of lakes on the southern hemisphere will counterbalance the uneven global sampling of mainly northern countries. Long-read metagenomics will enable sophisticated phylogeographic analyses of high-quality genomes of metagenomes (MAGs) and cultures (WP2). The evolution of freshwater SAR11 will be addressed with SAR11 MAGs originating from freshwaters branching within marine lineages and strains gained from the brackish Baltic Sea (WP3).
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10606 - Microbiology
OECD FORD - vedlejší obor
10617 - Marine biology, freshwater biology, limnology
OECD FORD - další vedlejší obor
10618 - Ecology
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
DA - Hydrologie a limnologie<br>EE - Mikrobiologie, virologie<br>EH - Ekologie – společenstva
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2022
Ukončení řešení
31. 12. 2025
Poslední stav řešení
P - Přerušený víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
21. 2. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
12 326 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
12 326 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč