Konstrukce chromozómově specifických DNA knihoven ječmene (Hordeum vulgare L.) a jejich využití pro mapování genomu
Cíle projektu
Projekt je zaměřen na konstrukci chromozómově specifických knihoven pro vybrané typy chromozomů ječmene. Při konstrukci knihoven bude použito translokovaných linií ječmene. Budou vyvinuty metody pro izolaci a třídění chromozomů ječmene pomocí průtokové cytometrie. DNA z tříděných chromozómů bude amplifikována pomocí DOP-PCR (degenerate oligonucleotide-promed PCR) a použita ke konstrukci knihoven krátkých inzertů. Ty budou charakterizovány z hlediska délky klonovaných inzertů, reprezentativnosti a obsahjedinečných a opakujících se sekvencí. Bude syntetizována cDNA a její hybridizací s chromozómově specifickou DNA, získanou po DOP-PCR, budou vyselektovány chromozómově specifické populace cDNA. Předpokládá se využití chromozómově specifických knihoven prizolaci chromozómově specifických markerů a pro lokalizaci genů na chromozómech nebo jejich částech a také možnost využití chromozómově specifické cDNA pro přípravu komplexních sond pro "chromosome painting".
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
—
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Construction of chromosome-specific DNA libraries of barley (Hordeum vulgare L.) and their use in genome mapping
Anotace anglicky
The project assumes construction of chromosome-specific DNA libraries for some of barley chromosomes. Translocation lines of barley will be used to increase efficiency of sorting. Methods for isolation and flow-cytometric sorting of barley chromosomes will be developed. DNA from sorted chromosomes will be amplified by degenerate-oligonucleotide primed PCR (DOP-PCR) and used for construction of recombinant DNA libraries. The libraries will be characterised as for insert size, reperesentativness and content of single-copy and repeated sequences. Barley cDNA will be prepared and hybridised with chromosome-specific DNA to obtain chromosome-specific population of cDNAs. The chromosome-specific libraries are expected to be used for isolation of chromosome-specific markers and for localisation of DNA sequences on chromosomes and their parts. Chromosome-specific cDNAs will be used to attempt at preparing probes for chromosome painting.
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
GE - Šlechtění rostlin
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
EF - Botanika
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Postup a metodika prací jsou v souladu se stanoveným záměrem. Práce je adekvátně publikována ve 2 článcích in extenzo, 1 odeslán do tisku, řada příspěvků na konferencích. Finanční prostředky čerpány v souladu s plánem.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 1998
Ukončení řešení
1. 1. 2000
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2001/GA0/GA01GA/U/N/9:4
Datum dodání záznamu
—
Finance
Celkové uznané náklady
652 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
530 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
652 tis. Kč
Statní podpora
530 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
GE - Šlechtění rostlin
Doba řešení
01. 01. 1998 - 01. 01. 2000