Strukturní analýza proteinových komplexů přirozených zabíječů pomocí chemického zesítění, isotopové výměny, hmotnostní spektrometrie a NMR.
Cíle projektu
Přirozené zabíječské buňky neexprimují na svém povrchu jediný dominantní aktivační receptor, ale jejich efektorové funkce jsou regulovány celou řadou receptor - ligandových interakcí tvořících tzv. receptorový zip. Pro lepší pochopení molekulárních mechanismů rozpoznání nádorových a virově infikovaných buněk přirozenými zabíječskými buňkami je nezbytné studovat tyto interakce receptorů s cílovými ligandy jednotlivě s použitím vysoce purifikovaných receptorů. V předkládaném projektu navrhujeme produkovatnejméně 4 vysoce rozpustné receptory přirozených zabíječských buněk a jejich ligandy, a poté studovat komplexy receptor - ligand pomocí chemických síťovacích činidel, isotopové výměny, hmotnostní spektrometrie a proteinové NMR.
Klíčová slova
proteincomplexeschemicalcross-linkingisotopeexchangemassspectrometrynuclearmagneticresonancemoleculardynamic
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P207-10-1040
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Analysis of protein complexes of killer cell receptors using chemical cross-linking, surface labeling, isotope exchange, mass spectrometry and NMR.
Anotace anglicky
Natural killer cells do not express at their surface a single dominant activation receptor similar to the T or B cell receptor. Therefore, the immune effector functions of these cells are regulated by a large number of receptors conferring either inhibitory or activation signals as a part of the large receptor zipper. In order to understand the mechanisms details beyond the recognition of tumor or virally infected cells by natural kille cells, it is essential to study the molecular details of receptor ?ligand interactions using highly purified soluble receptors. In the present project we suggest to produce at least four highly soluble recombinant receptors of natural killer cells and their potential ligands, namely mNKR-P1A, mNKR-P1C, mNKR-P1F, and mClr-g, and to study their interactions and the structure of the receptor ? ligand complexes using chemical cross-linking, H ? D exchange, mass spectrometry, and protein NMR.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CD - Makromolekulární chemie
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
EC - Imunologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10404 - Polymer science
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30102 - Immunology
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Řešení projektu odpovídalo záměrům. Výsledkem je pět publikací. Projekt byl ale po třech letech řešení panelem předčasně ukončen. Důvodem byla účast Prof. Bezoušky usvědčeného ze ?scientific misconduct? a jeho podíl na publikacích vzešlých z projektu a ?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
31. 12. 2013
Poslední stav řešení
S - Zastavený (předčasně ukončený) víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
28. 2. 2013
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP14-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
1. 7. 2014
Finance
Celkové uznané náklady
5 367 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
5 367 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
5 367 tis. Kč
Statní podpora
5 367 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CD - Makromolekulární chemie
Doba řešení
01. 01. 2010 - 31. 12. 2013