Katalytická strategie RNA a RNP enzymů studovaná širokým spektrem výpočetních metod

Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Hlavní účastníci
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.<br>Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P208-12-1878

Název projektu anglicky
Catalytic strategies of RNA and RNP enzymes studied by multi-scale computational approach
Anotace anglicky
The non-coding RNAs play decisive roles in expression and regulation of genetic information. Among them catalytic RNAs (ribozymes) have high biological and biotechnological relevance. Still, more than a quarter-century after their discovery, the understanding of physical-chemistry of RNA catalysis lags behind that of proteins. The project suggests major step forward in physical-chemistry understanding of RNA catalysis, based on integrated application of state-of-the art computational tools, mainly large-scale classical and quantum-classical simulations. Applicability and limitations of the methodology will be established, including its tuning. Three crystallographically and biochemically best characterized small ribozymes, the hairpin, hepatitis delta virus and glmS ribozymes will be studied and complemented by study of protein CRISPR Csy4 endonuclease, which also catalyzes RNA self-cleavage. The interdisciplinary project will improve atomistic-resolution understanding of the RNA catalysis and contribute to the development of advanced computational tools to tackle RNA.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
BO - Biofyzika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Cíle projektu byly naplněny. Přínos projektu je velký. Byla zdokonalena metodologie pro teoretická studia ribozymové katalýzy a aplikována na několik základních mechanizmů katalýzy malých RNA enzymů, např. HDV a endonukleázy. Byly objeveny základní principy v procesu štěpení cukr-fosfátová páteře RNA. Dosažené výsledky jsou dobře dokumentovány v publikacích ve kvalitních časopisech

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Datum dodání záznamu
28. 6. 2017

Podobné projekty(10)