Molekulové modelování RNA molekul a jejích komplexů: Úloha strukturní dynamiky

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202000001

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

20-16554S

Název projektu anglicky

Molecular modeling of RNA molecules and their complexes: the role of structural dynamics

Anotace anglicky

Explicit solvent molecular dynamics simulations will be carried out for a broad spectrum of protein/RNA complexes and RNA molecules, in a close collaboration with experimental laboratories. The goal is investigation of the general role of structural dynamics, local substates and partial disorder mainly in protein/RNA recognition. These effects are invisible to mainstream methods of structural biology which provide static ensemble-averaged picture of the molecular recognition. Structural dynamics is important for balancing specificity and affinity. It may help a protein to read multiple RNA sequences and to efficiently search for the right target in a pool of RNAs. Structural dynamics can also contribute to catalytic processes, when the chemical reactions are realized through some transient but highly reactive conformations. The project will also investigate nature of molecular interactions in RNA using quantum-chemical methods and provide a reparametrization of the AMBER RNA simulation force field using a new force-field term for hydrogen bonding recently introduced by the applicant.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CE - Biochemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Hlavní cíle projektu byly splněny. Po celou dobu řešení byl projekt řešen excelentním způsobem. 12 prací bylo publikováno v impaktovaných špičkových vědeckých časopisech,8 je exkluzivně věnováno tomuto projektu. Závěrečná zpráva přesně a podrobně popisuje dosažené výsledky. 4 PhD studenti se aktivně podíleli na řešení projektu. Přídělené prostředky byly využity efektivně.

Zahájení řešení

1. 1. 2020

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

8. 4. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-GA0-GA-U

Datum dodání záznamu

26. 6. 2023

Celkové uznané náklady

5 727 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 727 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč