Morfogeneze genomu v raných vývojových stádiích C. elegans
Cíle projektu
Morfogeneze genomu je proces, jímž se skládá v buněčném jádře lineárně uložená genetická informace do komplexního trojrozměrného uspořádání. Předpokládáme, že k tomuto skládání dochází reprodukovatelně během vývoje a diferenciace buňky. Tato hypotéza bude testována analýzou prostorového rozmístění vzájemně regulovaných chromozomálních ložisek v raném embryu C.elegans. To představuje ideální model pro tento účel díky invariantnímu rodokmenu C. elegans a synchronnímu vývoji jednotlivých embryí. Prostorovérozmístění genů v jádře embryonální buňky C. elegans bude určeno v živých buňkách vícebarevnou 3D DNA FISH. Získaná data budou analyzována algoritmy pro rozpoznávání vzorů. Vývojová signifikance charakteru genového rozmístění bude zkoumána pomocí dobředefinovaného ?cell fate? mutanta glp-1/Notch. Nalezení reprodukovatelných typů genového uspořádání v průběhu rané embryogeneze by otevřelo nové cesty výzkumu organizace genomu a genové regulace.
Klíčová slova
nucleararchitecture3DgenepositioningCelegansembryogenesislivecellimaging
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P302-11-1262
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Morphogenesis of the genome during early embryonic development of C. elegans
Anotace anglicky
The morphogenesis of the genomeis the process whereby linear genetic information folds into a complex three-dimensional shape in the cell nucleus. We hypothesize that this folding proceeds along reproducible patterns during development and cell differentiation. This hypothesis will be tested by analyzing the spatial positioning of co-regulated loci in the early C. elegans embryo,a model that is ideally suited for this purpose because of its invariant cell lineage and synchronous development from individual to individual. The positioning of genes in the C. elegans embryonic cell nuclei will be determined using multicolor 3D DNA FISH and live cell imaging. The imaging data will be analyzed using pattern recognition algorithms. Finally, the developmentalsignificance of gene positioning patterns will be explored using the well-characterized glp-1/Notch cell fate mutant. The finding of reproducible patterns of spatial gene positioning during early embryogenesis would open new avenues of research on genomefunction and gene regulation.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EA - Morfologické obory a cytologie
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Cíle projektu byly splněny a umožnily vytvořit nástroje pro studium prostorového uspořádání jádrového chromatinu časných embryí C. elegans. Vytvořený protokol byl publikován v Methods Mol Biol, originální v Plos One. Přehledný článek byl otištěn v recen?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2011
Ukončení řešení
31. 12. 2013
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
19. 6. 2013
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP14-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
1. 7. 2014
Finance
Celkové uznané náklady
5 910 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
5 910 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
5 910 tis. Kč
Statní podpora
5 910 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EA - Morfologické obory a cytologie
Doba řešení
01. 01. 2011 - 31. 12. 2013