Nadrodina Ras GTPáz a evoluce eukaryotické buňky
Cíle projektu
Nadrodina Ras GTPáz zahrnuje ústřední složky mnoha významných drah v eukaryotické buňce a hraje roli ve vážných lidských chorobách, ale její celková sekvenční a strukturní diverzita a evoluce zůstávají v podstatě neprobádány. Tento projekt staví na současném pokroku v genomovém sekvenování a metodách bioinformatiky a fylogenetiky a má za cíl podrobnou evoluční a sekvenční analýzu nadrodiny Ras GTPáz u eukaryot. Pro analýzy využijeme sekvenční data z veřejných databází a z probíhajících genomových projektů pro jednobuněčná eukaryota Bigelowiella natans, Guillardia theta a Mastigamoeba balamuthi. Rozsáhlý taxonomicky bohatý datový soubor podrobíme detailní analýze sekvencí a proteinových struktur. Podrobnou fylogenetickou analýzou vymezíme evoluční vztahy v rámci nadrodiny a její zrekonstruovanou evoluční historii porovnáme s hlavními událostmi v evoluci eukaryot a eukaryotické buňky. Vybudujeme rovněž internetový portál umožňující přístup vědecké komunitě k datovým souborům a nástrojům vyvinutým v rámci projektu.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P305-10-0205
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
The Ras superfamily of GTPases and the evolution of the eukaryotic cell
Anotace anglicky
The Ras superfamily of GTPases comprises central components of many important pathways in the eukaryotic cell and is implicated in severe human diseases, but its global sequence and structural diversity and evolution remains largely unexplored. This project builds on the recent progress in genome sequencing and in bioinformatic an phylogenetic methods and aims at a detailed evolutionary and sequence analysis of eukaryotic Ras superfamily GTPases. We will analyse data from public databases and from on-going genome projects for unicellular eukaryotes Bigelowiella natans, Guillardia theta and Mastigamoeba balamuthi. An extensive taxonomically-rich dataset of GTPases will be subjected to exhaustive sequence and structural analyses. We will define evolutionary relationships within the superfamily via detailed phylogenetic analyses. The reconstructed evolutionary history of the superfamily will be correlated with major events in the evolution of eukaryotes and the eukaryotic cell. We will create an Internetportal allowing wide access to the resources and tools generated in the project.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt přinesl nové poznatky nejen o GTPázách nadrodiny Ras a jejich diverzitě a evoluci, ale také o obecnějších aspektech evoluce eukaryotické buňky a jejího molekulárního základu. Projekt byl velice úspěšný. Stanovené cíle byly z větší části dosaženy?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
31. 12. 2012
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2012
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Datum dodání záznamu
17. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
1 737 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 737 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 737 tis. Kč
Statní podpora
1 737 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2010 - 31. 12. 2012