Molekulární mechanizmy asociace nového typu transponáz s repetitivními palindromickými sekvencemi

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P305-12-1801

Název projektu anglicky

Molecular mechanisms of association of a novel type of transposase with repetitive palindromic elements

Anotace anglicky

We plan to elucidate the molecular mechanism of recognition between novel tyrosine transposases from the IS200/IS605 family, RAYT, and single stranded DNA, ssDNA. RAYTs from Escherichia coli and Xanthomonas campestris are predicted to bind and cut specific DNA sequences (REPs) physically associated with RAYT encoding genes. The mobility of REPs is an important feature of plasticity of prokaryotic genomes. To advance understanding of the complex process of protein/DNA recognition in this system, we willcombine thermodynamic and kinetic study by surface plasmon resonance and crystallographic structural analysis. Complementary energetic and structural views of the interaction will reveal the role of variability and dynamics of residues at the interface.Comprehensive biophysical characterization of non/binding ssDNA sequences is expected to elucidate the role of energetically marginally stable but kinetically trapped states in the process of recognition. The knowledge generated by the project will enable us to draw biologically significant parallels between the ssDNA and RNA behavior.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Tento projekt zásadním způsobem rozšířil znalosti interakcí mezi DNA a proteiny mj. i díky zcela novým a unikátním bioinformatickým postupům analýzy. Objev vysoké dynamiky REP elementů může mít i obecně biologický přesah. Výsledky byly publikovány v 6 č?

Zahájení řešení

1. 1. 2012

Ukončení řešení

31. 12. 2014

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

2. 5. 2014

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP15-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

22. 5. 2015

Celkové uznané náklady

9 969 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 969 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč