Fyzická mapa krátkého ramene chromozómu 7D pšenice a její využití pro klonování genu pro rezistenci k mšici zhoubné

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)

Hlavní účastníci

Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P501-12-2554

Název projektu anglicky

Physical map of wheat chromosome arm 7DS and its use to clone a Russian wheat aphid resistance gene

Anotace anglicky

Map-based cloning in bread wheat is a daunting task due to enormous size (~17 Gbp) and polyploid nature of its genome. One of the strategies facilitating accomplishment of this goal is use of genomic resources created from smaller segments of the genome - chromosomes or chromosome arms. Here we propose assembling clones of a BAC library previously constructed from the short arm of wheat 7D chromosome into a physical map. The ordered clones will be sequenced by Illumina technology and assembled. The resulting BAC clone sequences will enable landing of the physical map on the chromosome. The integrated map as well as clone-by-clone sequence of the 7DS will significantly speed up cloning of all genes from this part of the wheat genome. Within the project, we assume map-based cloning of a gene conferring resistance to one of the most devastating wheat pests, Russian wheat aphid (Diuraphis noxia) located on 7DS. Besides of elucidating molecular basis of the trait, the knowledge of the gene enables host-pathogen interaction studies and development of markers for wheat breeding.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

GE - Šlechtění rostlin

CEP - další vedlejší obor

EF - Botanika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Získaná fyzická mapa umožnila přesné zamapování genu pro rezistenci vůči mšici zhoubné v genomu pšenice. V průběhu řešení bylo dále vyvinuto několik postupů umožňujících efektivní mapování v komplexním genomu. Výsledky byly publikovány formou 7 článků v prestižních vědeckých časopisech (např. PNAS, TAG atd.).

Zahájení řešení

1. 1. 2012

Ukončení řešení

31. 12. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 3. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

25. 9. 2017

Celkové uznané náklady

9 759 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 759 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč