Konstrukce BAC knihovny a fyzické mapování chromozómu 3D pšenice

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 9 (SGA02006GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

521/06/1723

Název projektu anglicky

Construction of BAC library and physical mapping of the wheat chromosome 3D

Anotace anglicky

The large size and polyploid nature of the nuclear genome of bread wheat pose a great challenge for the understanding of complete genome information, genome sequencing and gene discovery. This task could be simplified by fractionating the genome into small and defined parts. Here we propose to create two subgenomic BAC libraries specific for short and long arm of wheat chromosome 3D. Their creation will mark the completion of BAC resources for homeologous group 3, which has been selected for the pilot phase of the wheat genome sequencing project. 3D-specifc BAC resources developed in this project will be used to develop a molecular cytogenetic map and, in collaboration with Prof. J. Dvořák (UC, Davis), a physical contig map of 3D. They will alsobe usedfor targeted isolation of low-copy (potentially coding) DNA sequences, discovery of gene-rich regions on 3D, and for high-throughput mapping of expressed sequences to chromosome 3D using wheat GeneChip (collaboration with Prof. T. Close, UC,

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

GE - Šlechtění rostlin

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

EI - Biotechnologie a bionika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V průběhu řešení projektu byly připraveny dvě knihovny DNA klonované ve vektoru BAC (Bacterial Artificial Chromosome) specifické pro krátké a dlouhé rameno chromozómu 3D pšenice. Jedná se o vůbec první chromozómově specifické BAC knihovny pro D genom pše

Zahájení řešení

1. 1. 2006

Ukončení řešení

31. 12. 2008

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

25. 4. 2008

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP09-GA0-GA-U/02:2

Datum dodání záznamu

22. 10. 2009

Celkové uznané náklady

3 431 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 431 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč