Funkční analýza endogenních retrovirových elementů v lidském genomu: hledání spojení s rakovinou

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Mezinárodní projekty

Veřejná soutěž

Mezinárodní projekty 4 (SGA02010GA1GC)

Hlavní účastníci

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P305-10-J052

Název projektu anglicky

Functional analysis of endogenous retroviral elements in human genome: possible association with cancers

Anotace anglicky

We propose an international collaborative project aimed at the role of human endogenous retroviruses (HERVs) in cancers. Although comprehensive studies indicated that HERVs are associated with human cancers a possible mechanism remains unclear. It is planned to update the HERV database constructed by us recently and to analyze structure of the retroelements again. We shall take advantage of the database and the high throughput sequencing technology to study the species and functions of HERV transcripts or HERV-driven human genes. We plan to generate the whole transcriptome sequences from clinical samples, especially from breast, gastric and pancreatic cancers. We shall identify target transcripts of HERVs’ or HERV-driven human genes. We shall conduct functional analysis to study a possible role of these HERV genes or HERV-driven genes in disease onset or progression. This study can provide an insight into the role of HERVs in human carcinogenesis and can also help to elucidate HERVs evolution.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena

Zhodnocení výsledků projektu

Byla vyvinuta metoda pro detekci transkripce HERVů pomocí nových sekvenačních technologií ve spolupráci s tajwanským pracovištěm a se zapojením PhD. studenta. Odborným výstupem projektu je rozšíření již dříve vytvořené databáze HERVd (http://herv.img.cas.cz), ale jen jedna přehledová publikace v „New Biotechnology“ (IF 1,706). Vzhledem k absenci publikovaných originálních dat hodnocen nesplněno.

Zahájení řešení

1. 1. 2010

Ukončení řešení

15. 4. 2014

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

1. 4. 2014

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP15-GA0-GC-U/01:1

Datum dodání záznamu

30. 9. 2017

Celkové uznané náklady

8 111 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

8 111 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč