Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Juniorské granty

Veřejná soutěž

SGA0202000002

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

20-15915Y

Název projektu anglicky

Elucidation of Molecular Recognition and Development of New Software Tools for Identification and Design of Protein Transport Pathways

Anotace anglicky

The project aims at increasing the understanding of the fundamental principles of molecular recognition as a cornerstone of biochemical research. Even though structural biology has provided substantial information on how molecules work and interact inside of living cells, it is still unclear how thousands of different proteins present in the cytoplasm recognize their cognate ligands. The objective of this project is to shed light on this process at the level of all proteins with known tertiary structures (whole PDB database). To achieve this goal, we will develop a novel heuristic algorithm for the analysis of ligand transport processes in flexible protein molecules. We will use this algorithm in a new version of the in house software tool CaverDock and carry out an in-depth study of molecular recognition. The direct outcomes of the project will be a significantly improved software for a large-scale analysis of ligand binding and unbinding, a web tool available to a broad research community, and a basic understanding of the molecular recognition inside the living cells.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CE - Biochemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Zahájení řešení

1. 1. 2020

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

8. 4. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-GA0-GJ-R

Datum dodání záznamu

26. 6. 2023

Celkové uznané náklady

5 775 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 775 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč