Nové koncepty a nástroje pro racionální design enzymů

Název projektu anglicky
Nové koncepty a nástroje pro racionální design enzymů
Anotace anglicky
The project aims to develop a new concept for the rational engineering of enzymes, its experimental validation and implementation in the software tool. The concept of linking the de novo design of active site with the design transport paths. Design of the active sites will be secured by the program Rosetta, design of the transport routes by the novel program combining algorithms of both Caver and Rosetta. Computer code will be written to ensure communication of both programs and to allow modelling of energetically favored protein conformations which are forming the access pathways. The concept will be implemented in a computer code used to rationally design proteins with modified access routes and gates. Designed proteins will be experimentally constructed and biochemically characterized. The acquired data and knowledge will be used to validate the concept and to further improve it. The outputs of the three-year project will be a new concept engineered proteins, mutant proteins with improved properties, publications describing the results and their interpretation, and the software tool for design of tunnels and gates in proteins.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
IN - Informatika
CEP - další vedlejší obor
BO - Biofyzika
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
V projektu jsou studovány enzymy s modifikovanými přístupovými tunely. Pomocí strukturních analýz a počítačových simulací byl optimalizován protokol s cílem zlepšit reprodukovatelnost designu a hodnocení stability a aktivity navržených enzymů. Optimalizovaný postup umožní reprodukovatelně navrhovat aktivní a přitom stabilní enzymy. Výsledky projektu byly publikovány v renomovaných vědeckých časopisech ChemCatChem, PLoS Computational Biology, Journal of Chemical Information and Modeling, ACS Catalysis, FEBS Journal a Medicinal Research Reviews.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP17-MSM-LH-U/01:1
Datum dodání záznamu
23. 6. 2017

Podobné projekty(10)