Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta<br>Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

16-06096S

Název projektu anglicky

Elucidating the role of dynamic tunnels in enzyme catalysis: simulations and fluorescence experiments

Anotace anglicky

Enzymes are very efficient and specific natural catalysts. Their active site is often buried inside their core and connected to a solvent via transport pathways – tunnels. Geometry, physico-chemical properties and dynamics of tunnels determine the exchange rates of ligands between the active sites and a solvent that can often limit the overall catalytic efficiency. The project aims to establish new methods to study properties and dynamics of functionally relevant tunnels. First, we will generate molecular dynamics simulations of enzymes with known relevant tunnels. Then we will develop an automated protocol and software for a time-effective analysis of the tunnel dynamics and apply them on a wide range of enzymes. Novel fluorescence approaches to study tunnel relevance and dynamics will be established to provide additional validation of the protocol. Such analyses will expand our knowledge on properties of tunnels governing the transport processes in enzymes. Compiled cases will enable future studies on the role of tunnels in a protein engineering and inhibitor design.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt se věnoval komplexnímu zkoumání struktury a dynamiky interních tunelů enzymů jak pomocí pokročilých metod in-silico biologie, tak pomocí fluorescenčních experimentů. Dosažené výsledky byly shrnuty ve 14 publikacích. Příkladem významného výsledku tohoto projektu je vytvoření webového serveru HotSpot Wizard 3.0, který slouží k počítačovému navrhování vhodných mutantních proteinů.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

31. 12. 2018

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

15. 6. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP19-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 6. 2019

Celkové uznané náklady

9 133 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

8 892 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

241 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč