Studium syntenie mezi člověkem, Xenopus tropicalis a Xenopus laevis pomocí fluorescenční in situ hybridizace
Cíle projektu
Xenopus tropicalis patří mezi nejvýznamnější modelové organismy z pohledu studia embryonálního vývoje. V současné době se stále více začíná prosazovat na poli genetiky a funkční genomiky. Většímu rozvoji těchto oblastí však brání malá znalost organizacea evoluce jeho genomu. V navrhovaném projektu zamýšlím řešit tuto problematiku pomocí srovnávací chromozomové hybridizace (Zoo-FISH) mezi X. tropicalis a alotetraploidním, příbuzným druhem X. laevis a mezi X. tropicalis a evolučně vzdáleným člověkem. Laserovou mikrodisekcí připravené malovací sondy pro jednotlivé chromozomy X. tropicalis budou použity na metafázních preparátech pocházejících z X. laevis a člověka. Pozitivní lidské chromozomy obsahující jednu nebo více syntenních oblastí pak budou zpětněhybridizovány na metafázních preparátech X. tropicalis, a to s pomocí komerčně dostupných lidských malovacích sond. Výsledný obraz syntenních chromozomálních oblastí bude doplněn o data ze srovnávacího genového mapování, která jsou volně dostupná
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Postdoktorandské granty
Veřejná soutěž
Postdoktorandské granty 7 (SGA02007GA1PD)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
304/07/P204
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Study of synteny between human, Xenopus tropicalis and Xenopus laevis by fluorescence in situ hybridization
Anotace anglicky
Xenopus tropicalis, one of the leading organism for study of developmental processes, has recently been adopted for research in genetics and functional genomics. However, there is lack of data concerning genome organization and evolution with respect toallotetraploid counterpart Xenopus laevis and higher vertebrates, including human. This project will be focused on the identification of syntenic groups between Xenopus tropicalis, Xenopus laevis and human by comparative chromosomal hybridization (Zoo-FISH). Painting probes derived from micro-dissected chromosomes of Xenopus tropicalis will serve for hybridization experiments with Xenopus laevis and human metaphase spreads. Conversely, synteny found on human chromosomes will be confirmed and specified by application of commercially available painting probes of respective chromosomes on X. tropicalis preparations. This approach along with in silico comparative gene mapping (database ENSEMBL) can extend and elucidate events during evolution of
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EA - Morfologické obory a cytologie
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Plánované cíle projektu byly splněny a byly nebo budou publikovány v zahraničních impaktovaných časopisech (jedna publikace online, druhá přijata po menších úpravách do tisku).
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2007
Ukončení řešení
31. 12. 2009
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
22. 4. 2009
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP10-GA0-GP-U/03:3
Datum dodání záznamu
1. 3. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
1 203 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 203 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 203 tis. Kč
Statní podpora
1 203 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EA - Morfologické obory a cytologie
Doba řešení
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009