Zobrazení a analýza biologických vzorků v superrozlišení pomocí jednomolekulové lokalizační mikroskopie

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Postdoktorandské granty

Veřejná soutěž

Postdoktorandské granty 12 (SGA02012GA1PD)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P205-12-P392

Název projektu anglicky

Superresolution imaging and analysis of biological samples using single molecule localization microscopy

Anotace anglicky

Superresolution microscopy using single molecule localization methods is rapidly becoming one of the key tools in visualizing biological structures and molecules at a level well bellow the diffraction limit of optical microscopes. The proposed project focuses on implementation and development of this approach. We shall propose a methodology which allows us to analyze the 3D position and localization accuracy of individual molecules and, to compare various visualizing methods for superresolution data. Next, we shall validate and apply the method to imaging and analysis of biological samples. We shall examine A431 cells expressing the protein erbB3, a molecule whose role in breast cancer is becoming increasingly apparent. In collaboration with Colorado State University, USA, we shall analyze the insulin receptor and the insulin like growth factor receptor in rat 2H3 basophils. Our algorithms will be also adapted to quantify the density and interconnectedness of the interchromatin compartment of embryonic nuclei at different stages of C. elegans development.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

IN - Informatika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Hlavním výstupem je vyvinutý software ThunderSTORM pro automatizované zpracování, analýzu a vizualizaci dat pro superrezoluční mikroskopické techniky a účast řešitele na nejrůznějších biologických studiích v dalších spoluautorských publikacích, celkem d?

Zahájení řešení

1. 1. 2012

Ukončení řešení

31. 12. 2014

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

31. 3. 2014

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP15-GA0-GP-U/02:2

Datum dodání záznamu

6. 5. 2016

Celkové uznané náklady

2 077 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 077 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč