Co vlastně dělají nejběžnější bílkoviny v oceánu?
Cíle projektu
Prvoci jsou nejpočetnějšími a nejdiverznějšími eukaryoty oceánů,což je největší ekosystém na Zemi. Kvůli extrémní rozmanitosti,obtížím s kultivací a jen omezeným genetickým manipulacím víme překvapivě málo o bílkovinách mořských prvoků,což platí i o těch nejčastějších. Za použití pokročilých bioinformatických metod jsme z milionů analyzovaných sekvencí určili nejběžnější bílkoviny se zcela neznámou funkcí,které mají homology v geneticky manipulovatelných prvocích. Navázáním tagu tyto bílkoviny označíme a určíme tím jejich buněčnou lokalizaci a vazebné partnery. Vybrané geny budou v příslušných prvocích vypnuty a následná fenotypická analýza umožní určit jejich funkce.Zaměříme se na bílkoviny tvořící kinetochory a cytoplasmatické a mitochondriální ribozomy,které dosud nebyly studovány u skupin představujících víc než polovinu eukaryotické diverzity.Prostřednictvím velké knihovny monoklonálních protilátek a dalšími přístupy budeme identifikovat dosud přehlížené skupiny prvoků,které jsou s vysokou pravděpodobností zásadní z evolučního hlediska a hrají důležité role v mořském ekosystému.
Klíčová slova
Eukaryote diversityprotein functionprotistevolutionecosystemoceanfunctional genomicsribosomekinetochore
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Grantové projekty excelence v základním výzkumu EXPRO
Veřejná soutěž
SGA0202300004
Hlavní účastníci
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
23-06479X
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
What do the most abundant oceanic protistan proteins actually do?
Anotace anglicky
Protists represent the most speciose and abundant eukaryotes of the ocean, the largest ecosystem on Earth. Yet how they impact oceans remains enigmatic, primarily due to their extreme diversity and lack of cultivable and genetically tractable species. We know close to nothing about the proteins of marine protists, even though some of them represent the most abundant sequences in the ocean. Using advanced bioinformatics, we analysed millions of predicted proteins, to identify the most abundant ones having no projected function. We will introduce epitope tags to the most abundant proteins to establish their intracellular localization and interacting partners in model protists. A selected cohort of genes will be subsequently ablated for phenotypic analyses, with focus on cytosolic and mitochondrial ribosomes, as well as kinetochores, which remain unstudied in several ecologically and evolutionarily important supergroups. Using a library of monoclonal antibodies, we will visualize and characterize new protist lineages exceptionally important from the evolutionary perspective.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10601 - Cell biology
OECD FORD - vedlejší obor
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - další vedlejší obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)CE - Biochemie
EA - Morfologické obory a cytologie
EB - Genetika a molekulární biologie
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2023
Ukončení řešení
31. 12. 2027
Poslední stav řešení
B - Běžící víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
9. 4. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-GA0-GX-R
Datum dodání záznamu
21. 2. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
42 471 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
42 471 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
42 471 tis. Kč
Statní podpora
42 471 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
OECD FORD
Cell biology
Doba řešení
01. 01. 2023 - 31. 12. 2027