Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR

Veřejná soutěž

Výzkumné granty 8 (SAV02008-A)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

IAA400040802

Název projektu anglicky

Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA

Anotace anglicky

The evolution of living world requires efficient and accurate biochemical catalysts. Although most today's enzymes are proteins, many key reactions are catalyzed by catalytic RNAs -ribozymes. The project is focused on three best crystallographically andbiochemically characterized small catalytic RNAs, the hammerhead, hairpin and hepatitis delta virus ribozymes. They catalyze site-specific cleavage of their phosphodiester backbone through a transesterification mechanism. The main aims are comprehensivestructural, dynamic and thermodynamic description of the ribozymes, and the ultimate goal is to elucidate their catalytic mechanism, which remains entirely elusive despite years of intense research. To obtain panoramic insight into the RNA catalysis, wewill apply state-of-the-art computational approaches, predominantly based on explicit solvent biomolecular simulations combined with recently introduced quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methods.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byla charakterizována strukturní dynamika tří ribozymů: HDV a hairpin ribozymů a glmS riboswitche. Byly prozkoumány reakční mechanismy HDV a hairpin ribozymů. Dále byly identifikovány a popsány báze-fosfát interakce hrající důležitou roli v RNA katalýze.

Zahájení řešení

1. 1. 2008

Ukončení řešení

31. 12. 2011

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

18. 3. 2011

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP12-AV0-IA-U/02:2

Datum dodání záznamu

28. 6. 2013

Celkové uznané náklady

4 415 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 415 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč