Gen ybxF, nově identifikovaný člen streptomycinového operonu u Bacillus subtilis
Cíle projektu
Streptomycinový (str) operon, jeden z nejvíce evolučně konservovaných operonů u prokaryotů, se u E. coli skládá ze čtyř "house-keeping" genů: rpsL, rpsG, fus a tufA. První dva geny kodují ribosomální bílkoviny S12 a S7, druhé dva elongační faktory EF-G aEF-Tu. Nedávno jsme prokázali, že str operon gram-positivníchj bakterií B. stearothermophilus a b. subtilis, nese na svém 5'konci ještě další gen, nazvaný ybxF. Jeho transkripce ovlivňuje expresi zbylých čtyř genů operonu. ybxF koduje v obou organismechprotein s dosud neznámou funkcí a podle údajů v databasích je tento gen přítgomen i v dalších gram-positivních bakteriích. Zcela ale chybí v bakteriích gram-negativních. V projektu se navrhuje provedení komplexní studie ybxF: 1) Bude připraven a charakterizován B. subtilis bez genu ybxF (ybxF knoc-out), 2) Budou určeny důsledky zvýšené produkce proteinu abxF pro transkripci a buňku, 3) Protein ybxF bude isolován, testován a krystalizován k určení 3D struktury.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR
Veřejná soutěž
Výzkumné granty 2 (SAV02002-AB)
Hlavní účastníci
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Gene ybxF, a newly identified member of the streptomycin operon of Bacillus subtilis
Anotace anglicky
The streptomycin (str) operon, one of the most conserved operons in prokaryotic evolution, is in E. coli composed of four house-keeping genes: rpsL, rpsG, and fus, tufA, coding for ribosomal proteins S12, S7, and elongation factors EF-G, EF-Tu, respectively. Our studies revealed that str operon of gram-positive B. stearothermophilus and B. subtilis carries at its 5' end an additional gene, designated ybxF. Its transcription affected expression of other four genes of the operon. ybxF codes in both organisms for a protein of unknown function. The gene is also present in some other gram-positive bacteria but gram-negative bacteria have no homologue of ybxF. A complex study of bacillar ybxF significance is proposed: 1) B. subtilis with removed (knocked-out) abyF gene will be generated and characterized, 2) consequences of ybxF protein overproduction for growth and transcription will be examined, 3) ybxF protein will be isolated, tested and crystallized to detemine its 3D structure.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
EE - Mikrobiologie, virologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
N - Nesplněno zadání
Zhodnocení výsledků projektu
První gen streptomycinového operonu Bacillus subtilis, nazvaný ybxF, je neesenciálním genem kodujícím malou ribosomální bílkovinu o 82 aminokyselinách. Protein GreA inhibuje aktivitu RNA polymerázy B. subtilis při iniciaci z rrn promotorů in vitro.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2002
Ukončení řešení
1. 1. 2005
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP06-AV0-IA-U/04:2
Datum dodání záznamu
26. 9. 2007
Finance
Celkové uznané náklady
3 581 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 327 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
1 254 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
3 581 tis. Kč
Statní podpora
2 327 tis. Kč
64%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2002 - 01. 01. 2005