Diversita a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě: exprese vybraných genů primárního i sekundárního metabolismu ve vztahu k faktorům prostředí

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR

Veřejná soutěž

Výzkumné granty 4 (SAV02004-A)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

IAA6020410

Název projektu anglicky

Diversity and activity of soil microbial communities: expression of selected genes of secondary metabolism in relationship to envoronmental factors

Anotace anglicky

Complex composition of soil habitats implies high diversification of relationships among soil organisms. Actinomycetes bring to the soil environment extensive secondary metabolism, which appears to be a less known factor determining bacterial diversity within a wide range of nabitats. Bacterial community will be studied using microarrays: species diversity and activity using oligonucleotide probes of 16S rDNA sequences, and distribution of secondary metabolic and resitance genes using oligonucleotide gene specific probes, both targeted by eDNA and eRNA. Also, community response to bioactive compound production and other environmental factors will be sought. A long-term observation and manipulation experiment are proposed. A field study on actinomycetes, enriched by information from applied research on antibiotic production in our laboratory, could bring a new understanding of secondary metabolism evolution, horizontal gene transfer in nature and biodiversity at a molecular level.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

DK - Kontaminace a dekontaminace půdy včetně pesticidů

CEP - další vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10511 - Environmental sciences (social aspects to be 5.7)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Diverzita bakterií, především aktinomycet, byla vztažena k faktorům prostředí: půdní vlhkosti, obsahu organické hmoty a typu vegetace. Byl připraven microarray, který obsahuje asi 1400 sond pokrývajících nejvýznamnější producenty sekundárních metabolitů.

Zahájení řešení

1. 1. 2004

Ukončení řešení

31. 12. 2008

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

21. 2. 2008

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP09-AV0-IA-U/01:1

Datum dodání záznamu

2. 7. 2009

Celkové uznané náklady

3 228 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 228 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč