"Expressed Sequence Tags" u oxymonád - multigenová fylogenetická analýza eukaryot a studium významu horizontálního genového přenosu v evoluci prvoků

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Juniorské badatelské grantové projekty

Veřejná soutěž

Juniorské badatelské grantové projekty 6 (SAV02008-B)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

KJB501110801

Název projektu anglicky

"Expressed Sequence Tags" in oxymonads ? multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists

Anotace anglicky

Express Sequence Tag (EST) sequencing is a popular for studies of protists, as it allows fast generation large amount of genetic data. The approach is based on the construction of a DNA library and the sequencing of ca 10-20 thousand random clones. We have already a high quality cDNA library of an oxymonad ? one of the least studied groups of eukaryotes ? and our international collaborators have sequenced 3000 ESTs as a pilot. The aim of the project is to sequence an additional 5000 ESTs to fully utilize the gene-discovery potential of this library. These data will serve as an excellent base for subsequent projects in our laboratory, and will create a firm ground for collaboration as well as for the genome sequencing proposal. The first projects basedon these data will be 1) inference of the phylogenetic position of oxymonads using more than 100 genes 2) screening for genes that have experienced lateral gene transfer in the oxymonad lineage using software developed during the project.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

IN - Informatika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Bylo osekvenováno 349 tis. čtení transkriptomu Monocercomonoides. Byla vytvořena sada skriptů schopných utřídit geny do ortologních skupin a rekonstruovat jejich fylogenezi. Multigenovou analýzou se podařilo určit fylogenetické postavení oxymonád.

Zahájení řešení

1. 1. 2008

Ukončení řešení

31. 12. 2010

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

9. 3. 2010

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP11-AV0-KJ-U/02:2

Datum dodání záznamu

14. 6. 2011

Celkové uznané náklady

1 184 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 184 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč