Kombinace přístupů metatranskriptomiky a metagenomiky pro identifikaci aktivních mikroorganismů a jejich funkce v půdě

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST CZ

Veřejná soutěž

COST CZ 2 (SMSM2012LD2)

Hlavní účastníci

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-7027/2012-36

Název projektu anglicky

The use of metagenomics and metatranscriptomics for identification of active microorganisms and microbial processes

Anotace anglicky

The project aims to identify the active microbial community represented by the RNA pool and transcriptionally active in the environment using next-generation-sequencing. The main challenge of the project is the development of protocols that will allow reproducible and reliable work with environmental metatranscriptomes, especially the eukaryotic ones. The information on the taxonomic composition of communities and the abundance of individual taxa will be combined with the assignment of transcriptome-derived sequences to analyse the contribution of individual groups of organisms to the processes in the environment. The combination of genome sequences of selected microbial taxa and model strains with transcriptomics under defined conditions and the specific search for the species-specific sequences will contribute to the understanding of the autecology of individual microbes. The project will also comprise systematic survey of important microbial habitats within a European framework.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EH - Ekologie – společenstva

CEP - vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V rámci projektu byly vypracovány postupy pro zpracování metatranskriptomických informací a byla provedena metagenomická a metatranskriptomická analýza půdních biotopů s celoevropským významem. V rámci řešení byla hlavní pozornost věnována analýze sekvenčních dat, získaných z vybraných ekosystémů ČR, v rámci Evropy i z literárních pramenů.

Zahájení řešení

1. 3. 2012

Ukončení řešení

30. 6. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 2. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-MSM-LD-U/02:1

Datum dodání záznamu

11. 10. 2017

Celkové uznané náklady

1 666 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 666 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč