Analýza viromu třešní a višní sekvenováním nové generace a vývoj nástrojů pro specifickou detekci virů PCR.

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST CZ

Veřejná soutěž

COST CZ 4 (SMSM2014LD4)

Hlavní účastníci

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-8634/2014-1

Název projektu anglicky

Cherry virome deep sequencing analysis and development of virus specific PCR detection tools.

Anotace anglicky

Using parallel sequencing (next generation sequencing), RNA virome of sweet and sour cherry will be analysed. At the same time, phytoplasmas infections resembling symptoms of virus infection will be detected by PCR. Newly found viruses will be molecularly characterized and classified, and con-served or variable parts of genomes will be reported. Genetic variability of identified phytoplasmas will be analysed. For all pathogens discovered, specific primers will be developed allowing detection of these from total RNA. The cases of virus and phytoplasma mixed infections will be recorded.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

NGS bylo získáno více než 98% genomu CVA, CLRV, PDV, PNRSV, CGRMV, LChV2, z 50% CNRMV a ACLSV z třešní a višní. Byl objeven nový druh Luteoviru nazvaný Cherry associated luteovirus (ChaLV). Byly získány sekvence fytoplazem z ribosomální podskupiny 16SrI-B (‘Candidatus Phytoplasma asteris’) a 16SrX-A (‘Ca. P. mali’).

Zahájení řešení

1. 4. 2014

Ukončení řešení

30. 4. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

12. 2. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-MSM-LD-U/01:1

Datum dodání záznamu

23. 6. 2017

Celkové uznané náklady

3 305 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 622 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

1 683 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč