Urychlené výpočty pro studium receptorů vázaných na G-proteiny
Cíle projektu
Simulační metody mají výrazný potenciál při vývoji nových terapeutik. Tento potenciál však zůstává nevyužit díky počítačové náročnosti těchto metod. Cílem projektu je vyvinout metodologie pro studium receptorů vázaných na G-proteiny (GPCR) založené na urychlených simulacích (metadynamika, simulace pump-probe), které na rozdíl od klasických simulací umožňují studovat molekulární systémy s podstatně menšími nároky na výpočetní prostředky. Konkrétně plánujeme vyvinout a testovat metadynamiku a její kombinaci s "alchymistickými" simulacemi při hledání ligandů těchto receptorů. Dále hodláme využít metadynamiku a metodu pump-probe při studiu jejich dynamiky.
Klíčová slova
Receptory vázané na G-proteinyvývoj ligandůmetadynamikasimulace molekulové dynamikyallosterický jev
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program
COST CZ
Veřejná soutěž
COST CZ 4 (SMSM2014LD4)
Hlavní účastníci
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
MSMT-8634/2014-1
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Biased simulations for studies of G-protein-coupled receptors
Anotace anglicky
Simulation methods have great potential in drug discovery. However, this potential remains unexplored due to high computational costs of these methods. The goal of this project is to develop methodologies for studying G-protein-coupled receptors (GPCR) based on biased simulations (metadynamics, pump-probe simulations). These methods, unlike classical simulations, enable to study molecular systems with significantly lower computational costs. Namely, we plan to develop and test metadynamics and its combination with "alchemical" simulations for finding new ligands of these receptors. Beside this, we plan to apply metadynamics and pump-probe method to study their dynamics.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - další vedlejší obor
FR - Farmakologie a lékárnická chemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30104 - Pharmacology and pharmacy
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byly vyvinuty nástroje pro simulaci interakcí potenciálních léčiv s receptory. Metadynamický prohlížeč umožňuje analyzovat výsledky urychlených simulací provedených metodou zvanou metadynamika. Altruistická metadynamika umožňuje efektivněji nebo přesněji simulovat více podobných systému, například receptor s různými ligandy.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 4. 2014
Ukončení řešení
30. 4. 2017
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
28. 2. 2017
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP18-MSM-LD-U/01:1
Datum dodání záznamu
12. 6. 2018
Finance
Celkové uznané náklady
1 359 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 359 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 359 tis. Kč
Statní podpora
1 359 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 04. 2014 - 30. 04. 2017