Vše
Vše

Co hledáte?

Vše
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”
LD14133

Urychlené výpočty pro studium receptorů vázaných na G-proteiny

Cíle projektu

Simulační metody mají výrazný potenciál při vývoji nových terapeutik. Tento potenciál však zůstává nevyužit díky počítačové náročnosti těchto metod. Cílem projektu je vyvinout metodologie pro studium receptorů vázaných na G-proteiny (GPCR) založené na urychlených simulacích (metadynamika, simulace pump-probe), které na rozdíl od klasických simulací umožňují studovat molekulární systémy s podstatně menšími nároky na výpočetní prostředky. Konkrétně plánujeme vyvinout a testovat metadynamiku a její kombinaci s "alchymistickými" simulacemi při hledání ligandů těchto receptorů. Dále hodláme využít metadynamiku a metodu pump-probe při studiu jejich dynamiky.

Klíčová slova

Receptory vázané na G-proteinyvývoj ligandůmetadynamikasimulace molekulové dynamikyallosterický jev

Veřejná podpora

  • Poskytovatel

    Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

  • Program

    COST CZ

  • Veřejná soutěž

    COST CZ 4 (SMSM2014LD4)

  • Hlavní účastníci

    Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie

  • Druh soutěže

    VS - Veřejná soutěž

  • Číslo smlouvy

    MSMT-8634/2014-1

Alternativní jazyk

  • Název projektu anglicky

    Biased simulations for studies of G-protein-coupled receptors

  • Anotace anglicky

    Simulation methods have great potential in drug discovery. However, this potential remains unexplored due to high computational costs of these methods. The goal of this project is to develop methodologies for studying G-protein-coupled receptors (GPCR) based on biased simulations (metadynamics, pump-probe simulations). These methods, unlike classical simulations, enable to study molecular systems with significantly lower computational costs. Namely, we plan to develop and test metadynamics and its combination with "alchemical" simulations for finding new ligands of these receptors. Beside this, we plan to apply metadynamics and pump-probe method to study their dynamics.

Vědní obory

  • Kategorie VaV

    ZV - Základní výzkum

  • CEP - hlavní obor

    CE - Biochemie

  • CEP - vedlejší obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • CEP - další vedlejší obor

    FR - Farmakologie a lékárnická chemie

  • OECD FORD - odpovídající obory
    (dle převodníku)

    10403 - Physical chemistry
    10608 - Biochemistry and molecular biology
    10609 - Biochemical research methods
    30104 - Pharmacology and pharmacy

Hodnocení dokončeného projektu

  • Hodnocení poskytovatelem

    V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

  • Zhodnocení výsledků projektu

    Byly vyvinuty nástroje pro simulaci interakcí potenciálních léčiv s receptory. Metadynamický prohlížeč umožňuje analyzovat výsledky urychlených simulací provedených metodou zvanou metadynamika. Altruistická metadynamika umožňuje efektivněji nebo přesněji simulovat více podobných systému, například receptor s různými ligandy.

Termíny řešení

  • Zahájení řešení

    1. 4. 2014

  • Ukončení řešení

    30. 4. 2017

  • Poslední stav řešení

    U - Ukončený projekt

  • Poslední uvolnění podpory

    28. 2. 2017

Dodání dat do CEP

  • Důvěrnost údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Systémové označení dodávky dat

    CEP18-MSM-LD-U/01:1

  • Datum dodání záznamu

    12. 6. 2018

Finance

  • Celkové uznané náklady

    1 359 tis. Kč

  • Výše podpory ze státního rozpočtu

    1 359 tis. Kč

  • Ostatní veřejné zdroje financování

    0 tis. Kč

  • Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

    0 tis. Kč

Základní informace

Uznané náklady

1 359 tis. Kč

Statní podpora

1 359 tis. Kč

100%


Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

CEP

CE - Biochemie

Doba řešení

01. 04. 2014 - 30. 04. 2017