Simulace komplexních systémů se zesíleným vzorkováním

Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Ústav výpočetní techniky<br>Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
15-17269S

Název projektu anglicky
Enhanced Sampling Simulations for Complex Systems
Anotace anglicky
The major drawback of molecular simulations is their high computational cost. Therefore it is not possible to routinely simulate processes such as protein folding or drug-receptor complex formation. This problem can be addressed by new methods. Metadynamics method energetically disfavours visited states of the studied system, which makes simulation more efficient and predicts the free energy surface, i.e. thermodynamics and kinetics. However, description of complex processes remains an issue, as it is non-trivial to fully describe them by few structural parameters. In this project we propose three new metadynamics-based approaches. The first allows for efficient parallelisation of the calculation. The second combines metadynamics with non-linear dimensionally reduction. The third describes the process and approximates a free energy surface by a series of landmark structures. The proposed methods are adaptive, i.e. they can identify new landmark structures during the simulation. The project includes optimisation and testing of methods and addressing computational aspects.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
V rámci projektu byly vyvinuty nové/vylepšené metody pro efektivní vzorkování molekulárních simulací. Kromě metodických výsledků podstatných pro širokou komunitu projekt podpořil i implementaci metod ve výpočetních balících a centru. Významná část prostředků směřovala na podporu studentů, někteří jsou i spoluautory publikací. Počet výstupů až na probíhající revizi naplňuje předpokládaný počet 5.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Datum dodání záznamu
28. 6. 2017

Podobné projekty(10)