Simulace komplexních systémů se zesíleným vzorkováním

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Ústav výpočetní techniky
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

15-17269S

Název projektu anglicky

Enhanced Sampling Simulations for Complex Systems

Anotace anglicky

The major drawback of molecular simulations is their high computational cost. Therefore it is not possible to routinely simulate processes such as protein folding or drug-receptor complex formation. This problem can be addressed by new methods. Metadynamics method energetically disfavours visited states of the studied system, which makes simulation more efficient and predicts the free energy surface, i.e. thermodynamics and kinetics. However, description of complex processes remains an issue, as it is non-trivial to fully describe them by few structural parameters. In this project we propose three new metadynamics-based approaches. The first allows for efficient parallelisation of the calculation. The second combines metadynamics with non-linear dimensionally reduction. The third describes the process and approximates a free energy surface by a series of landmark structures. The proposed methods are adaptive, i.e. they can identify new landmark structures during the simulation. The project includes optimisation and testing of methods and addressing computational aspects.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

CE - Biochemie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)

10403 - Physical chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V rámci projektu byly vyvinuty nové/vylepšené metody pro efektivní vzorkování molekulárních simulací. Kromě metodických výsledků podstatných pro širokou komunitu projekt podpořil i implementaci metod ve výpočetních balících a centru. Významná část prostředků směřovala na podporu studentů, někteří jsou i spoluautory publikací. Počet výstupů až na probíhající revizi naplňuje předpokládaný počet 5.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

12. 4. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-GA0-GA-U/03:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

1 642 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 642 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč