Jak využívat a interpretovat přebytek dat z paralelního sekvenování v rostlinné virologii?

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST CZ

Veřejná soutěž

COST CZ 5 (SMSM2015LD5)

Hlavní účastníci

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-33315/2015-1

Název projektu anglicky

Implementation of NGS in plant virology – unprecedented capacity with a risk of data overflow.

Anotace anglicky

Hop and clover viromes will be screened in selected samples. Evaluation of incomplete sequences and identified contigs obtained in NGS and their use in plant virus diagnosis is the main aim of the project. All NGS-identified viruses will be reexaminated in plant samples with specific (RT)-PCR and correlation will be found for NGS- and PCR-based virus diagnosis.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Pomocí masivního sekvenování byly analyzovány viromy vybraných rostlin jetele červeného a chmele. Bylo nalezeno několik dosud nepopsaných virů. Analýza dat dále ukázala významný rozdíl v koncentraci u odlišných čeledí virů i jejich jednotlivých zástupců. Byl zkoumán vliv různých metod přípravy RNA na zjištěné titry virů. Málo koncentrované viry byly nejvíc ovlivněné způsobem zpracování vzorku.

Zahájení řešení

6. 10. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

24. 2. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-MSM-LD-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 6. 2018

Celkové uznané náklady

3 256 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 628 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

1 628 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč