Jak využívat a interpretovat přebytek dat z paralelního sekvenování v rostlinné virologii?
Cíle projektu
Cílem projektu je vyhodnotit fragmentární nebo neúplné výsledky získávané pomocí vysokokapacitního sekvenování (NGS). Porovnat výsledky detekce virů pomocí NGS se standardním (RT)-(q)PCR testem. Zjistit možnost využití částečných sekvenčních dat pro diagnostiku rostlinných virů. Prozkoumat viromy jetele a chmele, jejich složení a variabilitu. S účastníky akce COST FA1407 porovnat NGS jako diagnostický nástroj u různých druhů vzorků. Shromážděné údaje by měly pomoci vyvinout principy hodnocení a kategorizace výsledků NGS pro účely certifikace osiv a sadby plodin.
Klíčová slova
Detection limitcoverage depthNGS/PCR correlationpartial sequencesunknown viruseshopred and white clovers
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program
COST CZ
Veřejná soutěž
COST CZ 5 (SMSM2015LD5)
Hlavní účastníci
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
MSMT-33315/2015-1
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Implementation of NGS in plant virology – unprecedented capacity with a risk of data overflow.
Anotace anglicky
Hop and clover viromes will be screened in selected samples. Evaluation of incomplete sequences and identified contigs obtained in NGS and their use in plant virus diagnosis is the main aim of the project. All NGS-identified viruses will be reexaminated in plant samples with specific (RT)-PCR and correlation will be found for NGS- and PCR-based virus diagnosis.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EE - Mikrobiologie, virologie
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Pomocí masivního sekvenování byly analyzovány viromy vybraných rostlin jetele červeného a chmele. Bylo nalezeno několik dosud nepopsaných virů. Analýza dat dále ukázala významný rozdíl v koncentraci u odlišných čeledí virů i jejich jednotlivých zástupců. Byl zkoumán vliv různých metod přípravy RNA na zjištěné titry virů. Málo koncentrované viry byly nejvíc ovlivněné způsobem zpracování vzorku.
Termíny řešení
Zahájení řešení
6. 10. 2015
Ukončení řešení
31. 12. 2017
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
24. 2. 2017
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP18-MSM-LD-U/01:1
Datum dodání záznamu
12. 6. 2018
Finance
Celkové uznané náklady
3 256 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 628 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
1 628 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
3 256 tis. Kč
Statní podpora
1 628 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEP
EE - Mikrobiologie, virologie
Doba řešení
06. 10. 2015 - 31. 12. 2017