Systematické mapování konformačního prostoru krátkých peptidů pomocí výpočetních metod - cesta k porozumění struktury proteinů a jejich sbalování.

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

KONTAKT II

Veřejná soutěž

KONTAKT II 1 (SMSM2011LH1)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-6784/2013-311

Název projektu anglicky

Systematic mapping of the conformational space of short peptides through molecular dynamics simulation - a way to understanding of protein structure formation.

Anotace anglicky

The aim of the project lies in systematic computational study (molecular dynamics) and consequent structural analysis of short peptides X-Y, X-Y-X and X-X-Y-X-X where X and Y means one of 20 L-amino acids composing proteins. The calculations will be based on the knowledge of the accurate ab initio potential energy surface in phi/psi torsional coordinates of an amino acid in sequence context. This should serve as the reference for two dimensional fit of the potential energy surface obtained by an empirical potential method. The parameters of the fit will be integrated into torsional term in the empirical force field functional form and free energy surfaces of peptides in water by means of molecular dynamics will be calculated. The results should serve as a reference for comparison with analysis made on corresponding peptides extracted from protein data bank. Statistical occurrences and minima position will be compared and analyzed.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

CE - Biochemie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Na vybraných proteinogenních aminokyselinách byly pomocí výpočetních metod kvantové chemie, empirických metod a dlouhých simulací metadynamikou zkoumány jejich konformační preference v závislosti na torzních parametrech charakterizujících konformace. Po?

Zahájení řešení

1. 3. 2011

Ukončení řešení

31. 12. 2014

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

3. 3. 2014

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP15-MSM-LH-U/01:1

Datum dodání záznamu

2. 7. 2015

Celkové uznané náklady

1 660 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 660 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč