Studium protein-proteinových interakcí pomocí molekulárních simulací

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

Šestý rámcový program Evropského společenství pro výzkum, technický rozvoj a demonstrační činnosti

Veřejná soutěž

FP6-2004-Mobility-10

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

RP - Spolufinancování programu EK

Číslo smlouvy

MSMT-1462/2015-1

Název projektu anglicky

Protein-protein interactions from molecular simulations

Anotace anglicky

1. The third-power fitting with one-step perturbation approach will be extended to define universal reference states for all amino acids, to facilitate a computational saturation mutagenesis experiments. Its applicability will be shown at the hand of theinteraction between the 14-3-3 protein and various phosphorylated peptides, studying the effect of local changes in the sequence on the affinity of the peptides for the protein. 2. H-REMD using distancefield restraints will be further developed to allowfor an accurate description of protein-peptide and protein-protein interactions. The size and flexibility of a ligand will increase the amount of sampling that is required and will need improvements in the description of the reaction coordinate. These new methodologies will be applied to the (cooperative) binding of phosphorylated peptides to the 14-3-3 protein.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

CE - Biochemie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl realizován v rámci Aktivity MOBILITY, jejímž hlavním cílem je navázání a prohlubování kontaktů se zahraničními výzkumnými institucemi. Neprobíhá tedy kontrola dílčích výstupů projektu prostřednictvím hodnotící komise, avšak je kontrolována správnost čerpání přidělených financí a přiměřenost jejich využití.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

15. 2. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-MSM-7A-U/02:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

160 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

160 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč