Efektivní výpočty volných energií a konfiguračního vzorkování protein-‐proteinových interakcí
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Mezinárodní grantové projekty hodnocené na principu LEAD Agency
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Druh soutěže
M2 - Mezinárodní spolupráce
Číslo smlouvy
15-34684L
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Efficient free energy and enhanced sampling calculations of protein-‐protein interactions
Anotace anglicky
In the current proposal, an international, interdisciplinary team of researchers suggests to develop the efficient free energy methods and enhanced sampling tools to compute the binding free energy for complex protein systems. As a model system, the 14-‐3-‐3 family of proteins and their interaction with phosphorylated proteins/peptides is selected. In the unbound state, the most of relevant regions binding to the 14-‐3-‐3 are intrinsically disordered, and the affinity for many different sequences is to be evaluated. NMR experiments using the non-‐uniform sampling approach will be supported by Hamiltonian and Temperature Replica Exchange Molecular Dynamics simulations to describe the conformational ensemble pf the partner protein, while the third-‐power fitting / one-‐ step perturbation method will be extended to develop an universal model to compute the free energy differences between amino acids, allowing for an efficient prediction of binding affinities.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10403 - Physical chemistry
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Závěrečné hodnocení projektů LA probíhá na základě dohody s rakouskou partnerskou agenturou Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (FWF), která je zároveň „Lead agenturou“ přiměřeně jako mezinárodní hodnocení ve smyslu ustanovení § 7 odst. 4 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, ve znění pozdějších předpisů, u této zahraniční agentury.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 12. 2015
Ukončení řešení
31. 12. 2017
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
5. 4. 2017
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP18-GA0-GF-U/03:1
Datum dodání záznamu
4. 3. 2020
Finance
Celkové uznané náklady
6 221 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
6 221 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč