Identifikace farmakogenomických biomarkerů pomocí celoexomového sekvenování u pacientů s kolorektálním karcinomem

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE

Veřejná soutěž

INTER-EXCELLENCE 22 (SMSM2019LTC01)

Hlavní účastníci

Univerzita Karlova / Lékařská fakulta v Plzni

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-15739/2019-9

Název projektu anglicky

Identifying biomarkers through translational research for prevention and stratification of colorectal cancer (TRANSCOLONCAN)

Anotace anglicky

Colorectal cancer is one of the most common tumors and treatment of patients with this disease is a significant socio-economic problem. Even a small improvement in the survival of cancer patients will have a multiplier global benefit. One way to reduce mortality from this and other cancers is to identify molecular factors that facilitate optimal treatment. COST CA17118 is a very comprehensive approach to the molecular biology of colorectal cancer, and pharmacogenomic profiling of patients is one of the objectives. The aim of this project is to create the first database of genetic variants and genes (biomarkers) associated with prognosis and response to therapy of patients with colorectal tumors in the Czech Republic. In the first phase, a completely unique set of exomic data for 100 Czech patients will be obtained and used to evaluate factors of both good and poor treatment response. Biomarkers, which will significantly correlate with the response, will then be used to validate a large (n = 300) group of Czech patients and other patient groups available from Action, Working Group, WG3 partners, treated and monitored in a comparable manner. Such validated biomarkers will then be provided to WG4 partners for functional analysis based on evidence-based principles. The project will also provide a clinically validated bioinformatic procedure for processing pharmacogenomically relevant variants and genes. The close connection between academic and clinical staff of the drafting workplace with other partners The event will be an advantage for the clinical validity of the results and potential application in medical practice, which represents the main added value of this project for Action and Czech and potentially World Health. The main output of the project will be professional publications and presentations and users of the results will be academic and clinical staff students and institutions of the state and private sphere.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30204 - Oncology

OECD FORD - vedlejší obor

30205 - Hematology

OECD FORD - další vedlejší obor

30101 - Human genetics

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie<br>FD - Onkologie a hematologie

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byly připraveny celoexomové sekvence 122 vzorků pacientů s jaterními metastázami kolorektálního karcinomu, vytvořena databáze genů s alteracemi a anotovaných variant, vyhodnoceny vztahy mutačních profilů ke klinickým údajům o průběhu onemocnění a identifikována řada prognostických biomarkerů, jejichž význam je ověřován ve validačních studiích. Bylo publikováno celkem 6 prací v Jimp časopisech s dedikací projektu a rozvíjena zahraniční spolupráce.

Zahájení řešení

1. 6. 2019

Ukončení řešení

30. 9. 2022

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

24. 2. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-MSM-LT-U

Datum dodání záznamu

30. 6. 2023

Celkové uznané náklady

3 929 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 929 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč