Spolupráce s Mezinárodním ústavem tropického zemědělství na komparativní genetické a epigenetické analýze plantainů (AAB banánovníků)

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE

Veřejná soutěž

INTER-EXCELLENCE 18 (SMSM2018LTT02)

Hlavní účastníci

Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-7967/2019-4

Název projektu anglicky

Collaboration with the International Institute of Tropical Agriculture on comparative genetic and epigenetic analysis of plantains (AAB bananas)

Anotace anglicky

The project will support collaboration of the Institute of Experimental Botany ASCR with the International Institute of Tropical Agriculture (IITA) and strengthen the integration of the Czech Republic within the research program of this international nongovernmental organization. The joint research proposed will contribute to a complex analysis of genetic and epigenetic variability of plantains and to identify a set of SNP markers useful for their further detailed characterization. The banana representatives studied in this project will be obtained from the International Institute of Tropical Agriculture (IITA). The main goal of banana section at IITA is to breeding improved (resistant) cultivars to contribute to food security in developing countries of humid tropics and subtropics as well as to maintain and conserve genetic diversity of African banana clones. The research will be done with use of illumina sequencing followed by bioinformatic analysis. To provide illumina sequences a new, high throughput NovaSeq instrument, with the aim to analyze high number of accessions will be used. During the project, a whole genome sequence of a plantain clone ‘3Hands Planty‘ will be use as a reference genome sequence.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10611 - Plant sciences, botany

OECD FORD - vedlejší obor

10605 - Developmental biology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie<br>EF - Botanika

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V rámci projektu byla vytvořena vysoce kvalitní haplotypově odlišená celogenomová sekvence plantainu typu horn, klonu '3Hands Planty', a další celogenomové sekvence pro dva odlišné morfotypy plantainu (typ french a false horn), lišísí se morfologií květenství. Celogenomová resekvenační data poskytla informaci o jednonukleotidovýh polymorfismech u 62 genotypů plantainů a jejich genetické variabilitě.

Zahájení řešení

1. 2. 2019

Ukončení řešení

31. 12. 2023

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

16. 2. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MSM-LT-U

Datum dodání záznamu

1. 7. 2024

Celkové uznané náklady

5 193 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 193 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč