Srovnávací analýza genomu banánovníku (Musa spp.) pomocí 454 sekvenování

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Juniorské badatelské grantové projekty

Veřejná soutěž

Juniorské badatelské grantové projekty 7 (SAV02009-B)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

KJB500380901

Název projektu anglicky

Comparative genome analysis in banana (Musa spp.) using 454 sequencing

Anotace anglicky

Bananas and plantains (Musa spp.) are crops that have an enormous socio-economic importance. Edible banana cultivars are seed-sterile diploid, triploid and tetraploid clones. Despite the relatively small genome (1C = 550 ? 650 Mbp), the structure and organization of nuclear genome and genetic diversity of Musa is still largely unknown. In this project, we will use ultra-high-throughput DNA sequencing technology (454 Sequencing, Roche). The current system, the genome sequencer FLX, generates about 100 million high quality bases in one run. During this project, we plan to perform one sequence run for M. acuminata and Ensete ventricosum. 454´s data will be used to study structure and organization of their nuclear genomes and for comparative analysis. 454´s data will provide insights useful for the assembly of the nucleotide sequence of the entire nuclear genome, as well as to study genetic diversity of genus Musa.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

GE - Šlechtění rostlin

CEP - další vedlejší obor

EF - Botanika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Pomocí 454 sekvenování bylo získáno ~ 400 Mbp nukleotidových sekvencí pro pět druhů rodu Musa a jeden druh rodu Ensete. Srovnávací analýza celogenomových 454 dat šesti druhů čeledi Musaceae byla provedena s využitím ?graph-based clustering?.

Zahájení řešení

1. 1. 2009

Ukončení řešení

31. 12. 2011

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

18. 3. 2011

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP12-AV0-KJ-U/01:1

Datum dodání záznamu

25. 5. 2012

Celkové uznané náklady

1 688 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 688 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč