Studium vnitřní dynamiky biologicky významných neuspořádaných proteinů

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE II

Veřejná soutěž

SMSM2022LU002

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

-

Název projektu anglicky

Study of Internal Dynamics of Biologically Important Intrinsically Disordered Proteins

Anotace anglicky

Our first goal is to study so far unexplored dynamics of the flexible subunits of bacterial RNA polymerase. We will follow up our previous work which described the backbone dynamics of the delta subunit from Bacillus subtilis and we will focus on the characterisation of dynamics of its side chains. This goal also requires a development of a new NMR (NMR = nuclear magnetic resonance) methodology for measuring the dynamics of side chains of lysines and acidic amino acids, which are essential for the function of the studied delta subunit. We plan to use the measured data to verify the dynamics of side chains obtained from molecular dynamics simulations. The second goal is to compare the dynamics of the delta subunit from B. subtilis with the dynamics of its homolog from the pathogenic bacterium Staphylococcus aureus, or a mutant that mimics the homologous subunit. In the third objective, we will focus on the dynamics of the N-terminal domain of the MAP2c isoform (MAP = microtubule associated proteins). Using the non-orthodox NMR method (so-called high-resolution relaxometric data measurement), we plan to describe in detail the internal motions of MAP2c on picosecond to nanosecond timescales, which generally dominate the dynamics of intrinsically disordered proteins such as MAP2c. Next, we will study the side chain amino acid movements that are essential for the interaction of the N-terminal domain of MAP2 with the dimerization domain of the regulatory subunit RII of the cAMP-dependent kinase PKA. At the same time, we will also characterize the dynamics of MAP2c bound to the RII dimerization domain of the cAMP-dependent kinase PKA. Thus, the next goal will be molecular dynamics simulations of both free MAP2c and MAP2c interacting with the RII domain, and finally we will try to quantify the free energy of this binding using advanced molecular dynamics simulation methods.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

OECD FORD - vedlejší obor

10610 - Biophysics

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

BO - Biofyzika<br>CE - Biochemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Zahájení řešení

1. 9. 2023

Ukončení řešení

30. 9. 2026

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

15. 2. 2024

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MSM-LU-R

Datum dodání záznamu

19. 2. 2024

Celkové uznané náklady

5 748 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 748 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč