Komplexní strukturní analýza interakcí na rozhraní protein - nukleová kyselina unikátními bioinformatickými deskriptory.

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

KONTAKT

Veřejná soutěž

—

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

M2 - Mezinárodní spolupráce

Číslo smlouvy

10999/2010-32

Název projektu anglicky

Complex structural analysis of interaction at the protein - nucleic acid interface by unique bioinformatic descriptors

Anotace anglicky

We propose a complex analysis of the protein-nucleic acid (NA) interface by use of unique tools of structural bioinformatics developed in the collaborating labs. We believe that importance of the proposal is in the complementarity between both teams: While Dr. De Brevern developed tools for classification of local protein conformation, Dr. Schneider developed protocol for classification of NA. The protein-NA interface is important because interaction between these macromolecules is crucial in the fundamental biological processes as transcription, replication, or splicing. Errors in the recognition process may lead to damage or death of the inflicted cell. Many fundamental aspects of the recognition has not been described, the proposed project will significantly contribute to its understanding by labeling the interacting molecules by their local conformations. Reduction of conformations of protein and NA residues to a limited number of conformers simplifies complicated 3-dimensional information ab

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byla provedena analýza interakcí proteinů s DNA z krystalů jejich komplexů, která díky námi vyvinutému popisu lokálních konformací ukázala nové významné rysy interakce. Předběžné výsledky byly prezentovány na konferenci Biophysical Society v březnu 2011.

Zahájení řešení

1. 1. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2011

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

25. 3. 2011

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP12-MSM-ME-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 7. 2012

Celkové uznané náklady

106 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

106 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč