Analýza transkriptomu a metylace DNA u pacientů s fokální kortikální dysplázií

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202100001

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Lékařská fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU21-04-00305

Název projektu anglicky

Transcriptomics and DNA methylation analysis in patients with focal cortical dysplasia

Anotace anglicky

Despite the fact that focal cortical dysplasia (FCD) represents the most common etiology of focal drug-resistant epilepsy in epilepsy surgery series we still lack a complete understanding of the pathophysiology of its origin. Causal germline and somatic genetic variants in the genes of mTOR (mammalian target of rapamycin) signaling pathway were detected in about two thirds of FCD type II cases and pathogenic somatic variants of SLC35A2 in a third of FCD type I cases. Despite the progress in diagnostic and therapeutic methods, one fifth of patients undergoing epilepsy surgery fail to achieve seizure freedom, and the cause remains enigmatic. In recent years, multiple reports have established the important role of regulation of gene expression, both on the level of regulatory RNAs and on the level of DNA methylation. The study of German authors has shown that FCD subtypes display distinct methylation patterns, specific for FCD subtypes Ia, IIa and IIb. Dutch authors have identified RNA species with regulatory roles in brain tissue samples of patients with mesial temporal lobe epilepsy. Transcriptomic profiles specific for FCD are yet to be identified; as well as the prognostic value of transcriptomic and methylation profiles on the clinical course and outcomes of FCD patients undergoing epilepsy surgery. In the proposed project, we aim to characterize transcriptomic and methylation profiles of FCD subtypes and to identify novel signaling pathways that could become targets of personalized therapy in patients for whom surgery is not feasible. Transciptomic and methylation data will be complemented by the data from somatic and germline sequencing analyzed in the ongoing project NV-19-04-00369. The proposed project will significantly contribute to the understanding of FCD pathogenesis, combine basic and clinical research methods and thus contribute to improved patient care in the Czech Republic and worldwide.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30103 - Neurosciences (including psychophysiology)

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

FH - Neurologie, neurochirurgie, neurovědy

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

1. Odborný přínos projektu Projekt přinesl nové poznatky o molekulárních mechanismech fokálních kortikálních dysplazií a epileptogeneze, zejména v oblasti transkriptomiky a DNA metylace. Významným výstupem je klasifikační model založený na metylačních profilech s potenciálem využití v diagnostické praxi. 2. Charakteristika výsledků Deklarované výsledky odpovídají rozsahu projektu. Bylo analyzováno více než 140 vzorků mozkové tkáně. Přes komplikace během pandemie COVID-19 byly hlavní cíle splněny. 3. Význam projektu pro jiné obory Projekt má významný dopad pro epileptologii, neuropatologii a personalizovanou medicínu. Výsledky mohou přispět ke zpřesnění diagnostiky a indikace epileptochirurgické léčby. 4. Výstupy projektu Projekt přinesl 6 publikací typu Jimp, včetně článků v časopisech Q1 a prezentací na mezinárodních konferencích. 5. Nedostatky Nebyly zjištěny závažné nedostatky v čerpání financí ani v plnění zadávací dokumentace. Drobným nedostatkem je absence DMP.

Zahájení řešení

1. 5. 2021

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

4. 3. 2025

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP26-MZ0-NU-U

Datum dodání záznamu

13. 7. 2026

Celkové uznané náklady

15 329 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

15 259 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

70 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč