Objasňování nových genetických příčin fokálních malformací kortikálního vývoje

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202300001

Hlavní účastníci

Fakultní nemocnice v Motole

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU23-04-00209

Název projektu anglicky

Uncovering novel genetic causes of focal malformations of cortical development

Anotace anglicky

Focal MCD are the first and second most common cause of drug-resistant epilepsy in surgical series in children and adults, respectively. In our previous grant project NV19-04-00369, we established molecular genetic diagnostics for patients with focal cortical dysplasia (FCD); we ascertained genetic diagnosis for 21% of patients with FCD and selected MCD. However, despite our best efforts, a significant proportion of patients remain undiagnosed, and this is true for large international series too. Therefore, we propose this project with the aim to discover novel genes involved in pathogenesis of focal malformations of cortical development. We plan to utilize advanced methods of molecular biology and bioinformatics in patients in whom we were unable to discover genetic aetiology by currently available diagnostic tools, including those implemented in our previous grant project NV-04-00369. Recent publications show that advanced phenotype-genotype analysis utilizing human phenotype ontology (HPO) terms and whole-exome sequencing (WES) data may enable us to detect novel genetic causes of epilepsy. Analysis of WES data obtained from paired sequencing of brain tissue and blood DNA samples increase the scope of potential pathogenic variants detected in dysplastic brain tissue and detect pathogenic variants in genes, previously unknown to be implicated in pathogenesis of focal MCD. Finally, digital droplet PCR was shown to be reliable method for detection and validation of genetic variants present in DNA samples with low variant allele frequency. In the proposed project, we aim to implement these novel advanced molecular genetic and bioinformatic methods, including phenotype-genotype analysis, paired whole-exome sequencing of brain tissue samples and digital droplet PCR, in order to discover novel genes involved in MCD pathogenesis and thereby ascertain genetic diagnosis in patients with focal MCD of yet unknown genetic origin.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30101 - Human genetics

OECD FORD - vedlejší obor

30210 - Clinical neurology

OECD FORD - další vedlejší obor

30109 - Pathology

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie<br>FH - Neurologie, neurochirurgie, neurovědy<br>FP - Ostatní lékařské obory

Zahájení řešení

1. 5. 2023

Ukončení řešení

31. 12. 2026

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

28. 4. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MZ0-NU-R

Datum dodání záznamu

21. 2. 2024

Celkové uznané náklady

15 558 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

15 558 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč