Využití potenciálu celogenomové sekvenace pro rutinní klinickou mikrobiologii a epidemiologii

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2024-2030

Veřejná soutěž

SMZ0202400001

Hlavní účastníci

Fakultní nemocnice Brno

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NW24-09-00126

Název projektu anglicky

Unleashing the Potential of Whole-Genome Sequencing for Routine Clinical Microbiology and Epidemiology

Anotace anglicky

Bacterial typing plays a crucial role in molecular surveillance, epidemiology, and infection control across human, veterinary and environment sectors, which makes it an integral part of the “A European One Health Action Plan against Antimicrobial Resistance”. Over the years, various typing methods have been developed. However, they may lack the discriminative power and resolution offered by cutting-edge molecular techniques like whole-genome sequencing (WGS). WGS enables the characterization of bacterial strains at the level of individual nucleotide differences, providing vital information for epidemiological studies, outbreak investigations, and personalized treatment strategies. By analyzing complete genome sequences, important features such as virulence factors, antimicrobial resistance genes, and phylogenetic relationships can be uncovered, contributing to a deeper understanding of bacterial pathogenesis and transmission dynamics. While the availability of WGS is increasing, a significant bottleneck remains: the lack of user-friendly bioinformatics tools. This project aims to address this issue by developing a user-friendly software platform that integrates essential bioinformatics pipelines for strain identification, virulence profiling, and antimicrobial resistance analysis. Additionally, we will establish an epidemiologic database to serve as a repository for analysis results and epidemiological metadata, providing a valuable resource for researchers, clinicians, and public health professionals. The bioinformatics tools developed through this project will empower researchers, clinicians, and public health professionals, enabling them to fully utilize the potential of WGS. By paving the way for broader WGS adoption in routine laboratory practices, this project will contribute to improved detection, understanding, and management of infectious diseases in both human and veterinary healthcare settings.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10606 - Microbiology

OECD FORD - vedlejší obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

OECD FORD - další vedlejší obor

30302 - Epidemiology

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi<br>BC - Teorie a systémy řízení<br>BD - Teorie informace<br>EE - Mikrobiologie, virologie<br>FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie<br>IN - Informatika

Zahájení řešení

1. 5. 2024

Ukončení řešení

31. 12. 2027

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

12. 4. 2024

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP25-MZ0-NW-R

Datum dodání záznamu

12. 3. 2025

Celkové uznané náklady

9 875 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 875 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč