Genomická epidemiologie Escherichia coli v konceptu Jedno zdraví: přenos patogenních kmenů a antibiotické rezistence potravinovým řetězcem

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2024-2030

Veřejná soutěž

SMZ0202400001

Hlavní účastníci

Veterinární univerzita Brno / CEITEC - Středoevropský technologický institut, VFU Brno

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NW24-09-00510

Název projektu anglicky

One Health genomic epidemiology of Escherichia coli: transmission of pathogenic strains and antibiotic resistance via food chain

Anotace anglicky

The rise of antimicrobial resistance (AMR) in pathogenic Escherichia coli represents a global health burden. Avian pathogenic E. coli (APEC) is a subgroup of E. coli causing serious infections especially in poultry but the current knowledge shows that APEC strains are important zoonotic pathogens with the potential to cause human infections. However, the proportion, AMR and genetic traits of APEC behind human diseases are currently unknown, and information on the occurrence and characteristics of APEC strains in the Czech Republic is completely lacking. In this project, we will investigate the molecular epidemiology, AMR and virulence of APEC in humans and poultry, compare the specific traits shared by these strains and uncover the driving force behind their zoonotic success. Human isolates will be collected in cooperation with hospitals, while samples of poultry origin will be obtained within programmes of national surveillance of pathogens at the State Veterinary Institutes. To compare human and animal strains, we will perform comprehensive comparative genomics using whole-genome sequencing (WGS) data. We will focus on tracing the links between AMR, virulence and population structure of APEC strains in relation to their human/poultry origin in comparison with environmental and other animal sources and global data. Mobile genetic elements (MGE) will be analysed by an integrative approach of long DNA sequencing, genomics, in vitro experiments and correlation analysis to evaluate their importance in the spread of resistant APEC strains between niches. Using results of this cross-sectoral comparison and extensive genomic analyses, we will propose a standardized surveillance scheme for food-borne pathogens based on WGS and bioinformatics for better diagnostics and public health. This project, implemented with regard to the One Health concept, will significantly support cooperation between the human and veterinary sectors as a fundamental prerequisite for fighting AMR.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30302 - Epidemiology

OECD FORD - vedlejší obor

10606 - Microbiology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EE - Mikrobiologie, virologie<br>FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie

Zahájení řešení

1. 5. 2024

Ukončení řešení

31. 12. 2027

Poslední stav řešení

Z - Začínající víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MZ0-NW-R

Datum dodání záznamu

25. 3. 2024

Celkové uznané náklady

12 997 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

12 997 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč