Extraintestinální patogenní Escherichia coli: molekulární epidemiologie a populační genomika v rámci národní surveillance antimikrobiální rezistence

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202200001

Hlavní účastníci

Univerzita Karlova / Lékařská fakulta v Plzni

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU22-09-00645

Název projektu anglicky

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli: molecular epidemiology and population genomics within national surveillance of antimicrobial resistance

Anotace anglicky

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) account for a wide range of human pathologies from urinary tract infections to life-threatening bacteraemia and sepsis. Global increase of morbidity, mortality and medical expenses due to these infections are among the major treat for public health. Pandemic dissemination of high-risk ExPEC lineages of clinical relevance, level of antibiotic resistance and virulence has been documented. The characteristics of ExPEC in terms of their population structure, dynamics and phylogenetics are still unknown for some important clonal lineages; this data are completely missing in the Czech Republic. In this project we will investigate the genetic properties of ExPEC isolates susceptible or resistant to cephalosporins from community and nosocomial urinary tract infections, bacteraemia and gut colonisations. Isolates along with anonymised clinical data will be collected from laboratories across the country in the close collaboration with National Institute of Public Health within the national program for surveillance of emerging pathogens. Complex approaches including whole-genome sequencing, bioinformatics and comparative genomics will be used to address genetic structure of ExPEC population and to reveal the specific links of particular clones with antibiotic resistance genes and virulence factors. Long-read DNA sequencing using the most advanced technologies will provide a comprehensive view on mobile genetic elements and their role in the pathogenesis of ExPEC and the spread of antibiotic resistance. Genomic data of ExPEC strains will be linked with clinical and epidemiological data with the aim to determine host- and microbe-associated factors behind the disease development and it severity. The project results will be directly used for improved diagnostics and treatment of ExPEC infections and provided to public health authorities involved in the process of development, evaluation and revision of antibiotic policies.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30303 - Infectious Diseases

OECD FORD - vedlejší obor

30302 - Epidemiology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie

Zahájení řešení

1. 5. 2022

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

28. 4. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MZ0-NU-R

Datum dodání záznamu

21. 2. 2024

Celkové uznané náklady

11 574 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

11 574 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč