Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace
Cíle projektu
Zvýšení spolehlivosti systému celostátního hodnocení dojeného skotu zvětšením referenční populace SNP genotypováním krav s domácí užitkovostí. S tím souvisí ekonomická optimalizace techniky odběrů zdrojů DNA v chovech pro čipové a NGS technologie v servisní laboratoři, úprava a imputace vstupních údajů z čipů na jednotný formát umožňující porovnání jedinců a ověřování původu v propojení s testy statusu genů s vlivem na zdraví a užitkovost (dosud testováno odděleně STR technologií). Návazně bude populační studie na úrovni jednotlivých SNP a stanovení genetických rozdílů na úrovni DNA mezi domácí populací krav a populací dovážených zahraničních plemeníků (tvorba skupin do BLUP). Konečným cílem je algoritmus stanovení genomické plemenné hodnoty (GEPH) s využitím všech genotypovaných jedinců.
Klíčová slova
SNP technologyimputationreference populationgenotyped cowsparentage verificationconversion STR and SNP datastatus of genes influencing health and productionalgorithm of GEBV
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo zemědělství
Program
Program aplikovaného výzkumu Ministerstva zemědělství na období 2017 - 2025, ZEMĚ
Veřejná soutěž
VaV pro Ministerstvo zemědělství II 2 (SMZE2018MZE01)
Hlavní účastníci
Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
931-2017-1415
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Improvement of national-wide genomic evaluation of dairy cattle by including cows with domestic production records into genotyped reference population
Anotace anglicky
Improvement of reliability of national-wide evaluation of dairy cattle by increasing of reference population with SNP genotyping of cows with domestic production. Connected are economic optimazation of sampling sources of DNA in herds for chips and NGS technologies, modification and imputation of data from chips to the unified format, allowing comparison of individuals and interface of parentage verification and tests of status of genes connected with health and production (today tested separately by STR technologies). Further population studies on SNP and verification of differences on DNA levels between domestic cow and imported sires populations (groups for BLUP). The final goal is the algorithm of prediction of genomic enhanced breeding value (GEBV) exploiting all genotyped animals.
Vědní obory
Kategorie VaV
AP - Aplikovaný výzkum
OECD FORD - hlavní obor
40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)GG - Chov hospodářských zvířat
GH - Výživa hospodářských zvířat
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
V rámci projektu byly za pětileté období řešení celkem dle plánu publikovány a v projektu uplatněny 3 vědecké články v časopisech s IF. Bylo vytvořeno 5 certifikovaných metodik a 2 články typu Jsc. U plánovaných výsledků došlo v průběhu řešení k dílčím obsahovým změnám, které byly vyvolány zjištěními v průběhu řešení. Dále byly v průběhu řešení projektu vytvořeny výsledky navíc - 1x Nmets, 1x R (software), 1x Jimp a 1x Jsc.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2018
Ukončení řešení
31. 12. 2022
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
11. 4. 2022
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP23-MZE-QK-U
Datum dodání záznamu
16. 6. 2023
Finance
Celkové uznané náklady
12 913 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
12 913 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
12 913 tis. Kč
Statní podpora
12 913 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Ministerstvo zemědělství
OECD FORD
Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
Doba řešení
01. 01. 2018 - 31. 12. 2022